兩岸南海合作，需要兩岸統一認識，建立相當程度的互信，進行充分的交流與溝通，把握兩岸南海合作的正反兩方面條件，以期搭建形成相當成熟的官方交流管道與平台，才能有所實質性作為。正如“立法委員”林郁方所說，“目前來講，兩岸合作會引起周邊國家的疑慮。我想兩岸看南海問題，需要一個長遠的戰略觀。如果我們進行合作，容易被解讀為以合作對抗其他國家，我認為這對大陸、對台灣都不是好事情。現階段我認為只能做到保持一種默契，就是彼此不要對對方所佔領的島嶼採取敵對的行動。”
台灣缺少油源，台灣中油與大陸的中海油合作，民進黨或國民黨政府均同意在東沙島北邊海域的南海北坡做油氣探勘、開發。大陸的深海鑽探平台在南海該海域開啟作業，對欠缺技術的台灣中油、兩岸能源合作是新的契機。大陸方面耗資60億人民幣的深水鑽探平台“海洋石油981”，於2012年4月9日在南海打下第一口井。“國安局長”蔡得勝證實台灣中油在太平島附近有一個油井獨立開發計劃，到目前為止沒有遭到周邊國家的干擾或阻止。
國際因素影響兩岸海洋事務合作
對大陸而言，兩岸在南海等海洋事務上的合作有廣泛的訴求空間；相對而言，台灣承受三層次博弈，包括台灣內政層次、兩岸層次以及國際層次，其中國際層次又涉及台灣對東南亞的政策以及對美日的戰略前導。
根據馬英九在競選“總統”時的政見顯示，“重建台美互信，鞏固雙邊關係”、“支持美日安保，改善台日關係”以及“敦親睦鄰，拓展亞太關係”，其中包括一方面促請美方繼續落實“台灣關係法”及“六項保證”；另一方面，我們身為“負責任的利害關係者”，也有決心承擔自身防務，購買必要的防衛性武器；支持“美日安保”做為維護東亞安全的重要機制；以及希望將來能分別簽訂《自由貿易協定》，最後達成“東盟10＋3＋1”的目標。 |
