2003年秋天是人生的再一個轉換，台灣大學政治學系給了我一個可以在最高學府任教的榮譽，這也等於給了我一個可以再次以實際行動關懷整個社會的機會。
2004年3月的“總統”大選，兩顆子彈疑雲，使全台灣的對立拉高到極點，在抗爭無效後，泛藍內部當時的士氣是一片低迷。這個時候，黃光國與謝大寧兩位教授找到我，共同籌組“民主行動聯盟”，期盼以實際行動引導台灣不要迷失。
黃光國教授為何會找上我，他日後告知，在他看來，台灣所有問題都源於兩岸關係無法妥善處理與解決，要讓台灣的民主正常化，必須以妥善處理兩岸關係為前提，否則民粹終究亡台。據他打聽，我對兩岸關係有研究，也讀了我的一些書，希望能夠共同努力。
就這樣，我與這位以前只聞其名的學術前輩，以及後來成為莫逆之交的謝大寧教授，還有一群志同道合的朋友一起在台灣的街頭出現，凝聚我們的是相同的認知：兩岸關係必須和平發展。一直到2008年，我們所有的政治社會運動均以此為目標。
因為缺少道德正當性，陳水扁即使在2004年當選，但卻面臨內外的挑戰。面對內部的抗爭，陳水扁以他的意志戰勝了國民黨的政黨領袖，中止了抗爭活動；面對外部的質疑，高達6108億軍購成為陳水扁向美國尋求支持的一個手段。在這一個時間點，我們決定推出反6108的運動，由我擔任“反6108軍購聯盟”總召集人，舉辦萬人遊行、撰文呼籲、結合意見領袖、創造輿論壓力，以阻止兩岸陷入軍備競賽而帶來的可能軍事衝突。我們的邏輯很簡單，要討論是否軍購，必須先確定台灣的整體國防政策，要確定國防政策，必先確定兩岸關係的定位。民進黨政府一直拒絕與我們對話，不過，在國民黨與親民黨的支持下，包括愛國者三型飛彈、PC反潛機與柴油潛艦一直無法在“立法院”通過。
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