2006年3月23日，馬英九在美國布魯金斯學會發表《台灣在亞洲扮演和平與穩定的角色》演講，提出了“五不”、“五要”的概念，對自己的大陸政策主張做了一個概括和總結，也再次提出，“願與大陸協商30年、40年或50年的和平協議”。[25]3月27日，馬英九接受美國有線電視新聞網（CNN）專訪時也表示，“我們希望透過協商可以和中國大陸達成和平協議，我們希望和平協議可以維持30到50年。這樣台海兩岸關係可以穩定，我們可以維持現狀而不讓台灣成為東亞的衝突點。”
此後，兩岸商簽和平協議，納入了馬英九2008年總統競選政策白皮書。[26]
在這一段時間內，馬英九表述的理念是：在大陸短期內難以變得“民主自由”的情況下，在台灣人民能否“接受統一”存在變數的情況下，而大陸“武力統一”依然存在可能的情況下，兩岸應該先簽訂一個和平協議，以緩解大陸“武力統一”的壓力，“維持現狀”，渡過一個相對危險的過渡期，然後隨著台灣實力的恢復與培植、壯大，實現“三民主義統一中國”。
不過，2008年3月23日，馬英九在確定當選台灣地區領導人後，公開表示“談和平協議沒有時間表，談判前會要求對岸撤除瞄准台灣的飛彈”，“未來兩岸無論簽訂什麼文件，一定要經立法院通過”。[27]顯然，馬英九給“和平協議”商簽工作增加了兩個前提。3月29日，馬英九再一次強調“大陸撤出對台飛彈”是兩岸簽和平協議的前提。[28]對此，張亞中認為，馬英九拋出“先撤飛彈才有和平協議”的命題，等同用“撤飛彈來對和平協議說不”，不是一種高明的謀略。[29]
必須承認，此後數年里，兩岸關係確實得到相當大的發展，確實處於“60年來最好的時期”，“馬英九提出兩岸應發展‘暫行架構’（modus vivendi），用恢復協商、和平協議、經濟交流、國際參與和文化交流等‘五要’，打造和平繁榮共同願景。現在來看，‘五要’已經達成四項，僅剩和平協議”。[30]
馬英九似乎遺忘了“和平協議”，幾乎不提。
2009年9月21日，國民黨榮譽主席連戰在美國馬里蘭大學發表演說表示“兩岸若要深化和平根基，強化台灣安全，就需要討論和平協議”。雖然連戰也提了幾個前提，如“和平協議觸及的‘一中’原則，必須以中華民國憲法或‘九二共識’為基礎，以及中國放棄對台敵對狀態，並建立兩岸信心建立機制等”，[31]但連戰推動兩岸商簽“和平協議”的企圖心顯而易見。但馬英九對此予以冷處理。直到2010年5月19日他才予以回應，表示“兩岸商談簽署和平協議，時機仍未成熟，要等到水到渠成”。[32]
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