(三)共同利益可先行先試、非共同利益先擱置
兩岸共同利益是目前兩岸非共同利益的基礎與前奏，目前兩岸非共同利益正是在共同利益的基礎上得以發展，可以為目前兩岸非共同利益提供更多的平台管道，累積更多的經驗，因此，兩岸智庫可就共同利益先行先試，目前兩岸非共同利益需要雙方累積進一步的互信，兩岸需要相互戰略保證，需要雙方作出確保兩岸關係和平發展的承諾，以推動兩岸關係永續發展。
三、兩岸智庫合作的途徑與架構
(一)途徑
胡錦濤發表了極為重要的六點意見，戰略性地將“弘揚中華文化，加強精神紐帶”放在新時期對台工作綱領性文件中極為突出的位置。這充分表明弘揚中華文化對進一步推進兩岸關係發展舉足輕重，具有不可替代、毋庸置疑的巨大作用。中華文化不僅是五千年華夏文明寶庫的珍貴遺產，更是維護中國統一的強大精神支柱。
兩岸關係已終結對抗，進入黃金發展通道，處於經貿兩岸與文化兩岸雙軌並進的轉捩點上。兩岸和平發展，取決於兩岸共同利益的創造與兩岸共同價值的形塑，後者尤其具有關鍵性的影響。當前，對於中華文化的認同逐漸成為兩岸共同願景，形塑兩岸共同利益成為兩岸同胞共同的歷史性任務。
兩岸共同利益的形塑會是一個漫長艱巨的過程，其中包含不同價值間的衝突及磨合。兩岸共同利益的形塑需要多元的路徑通道以支撐。借助於兩岸雙向多軌的迴圈流動，促成兩岸同胞生活方式、思維模式的對接整合，由此形塑更多的共同利益。兩岸智庫應採取多軌並進的模式，推動兩岸共同利益，兩岸共同利益的形塑應有一些制度性的安排、設立保障性機構。
(二)架構
(1)交流
兩岸智庫不定期或定期舉辦交流活動，諸如：互訪考察、學習觀摩、舉辦研討會等有益增進彼此情感之交流活動。
(2)合作
相關智庫交流達到一定程度，彼此有互信就可展現誠意，提出合作計劃，共享成果。合作三部曲：①首部曲：共同推動議題研究；②二部曲：為共同培訓、互換人才；③三部曲：為合組智庫，共同發展。
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