二、兩岸智庫合作先行先試的種類與優先順序
兩岸智庫合作之架構可區分為共同利益與非共同利益，其中共同利益部分為經濟、貿易、文化、學術、科技、能源、環境等方面；非共同利益部分為主權領土、軍事國防、社會制度、政府體制等。兩岸共同利益應不涉及較敏感的話題可先行先試，而兩岸非共同利益需要雙方累積進一步的互信，確保兩岸關係和平發展的承諾方能推動。
(一)共同利益部分
(1)經濟
2008年馬英九當選台灣“總統”，開啟了兩岸正常交流的大門，江陳會系列ECFA的簽訂，是兩岸交流的重中之重，雙方關係更進一步，週邊國家開始展現與台灣進行相關合作的意圖。因此，兩岸智庫要持續注意ECFA後所帶來的國際效應，不斷針對新現況進行討論、規劃，攜手攢世界的錢。
(2)貿易
經貿的往來，與貨幣習習相關，台灣對大陸貿易的依存度已經達到42%，新台幣與人民幣掛勾至為重要，台灣對大陸的貿易順差建立在匯率的穩定上，才能穩住雙方的生產貿易、投資、就業等總體經濟指標。兩岸智庫除了針對雙方貨幣清算機制進行討論外，更要注意國際對兩岸貨幣的壓力。
(3)文化
兩岸交流過程中，台灣已發展出屬於自己特色的文化精神，越來越人性化，兩岸都必須有個體認，就是兩岸交流不能只看物質層面，經濟交流之外，也必須在文化方面有所契合。兩岸智庫可針對兩岸分治所造成的文化差異來進行相關的交流，預防因兩岸文化差異而對兩岸合作產生不良的效果。
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