(二)目前非共同利益部分
(1)主權領土
台灣一中各表、九二共識，大陸一個中國原則不容動搖，是故兩岸對一中定位尚無共識，兩岸主權關係特殊，雙方都害怕自身受到衝擊，在這種形勢之下，透過兩岸智庫的交流，再註釋國家主權，使兩岸的互賴結構得以轉化為積極正面的結果。大陸海協會副會長張銘清認為，兩岸統一不涉及中國領土及主權的問題，就應當按照結束兩岸的政治對立的定位，思考破解政治難題的方向，解決兩岸問題。
(2)軍事國防
兩岸分裂分治六十年，由對抗到交流，由武裝鬥爭到和平發展，軍事是最關鍵核心議題，兩岸均不排除馬胡會與簽訂兩岸和平協議，只是時間問題而已，因此應通過適當方式適時就軍事問題包括兩岸軍事部署及互信機制等有關問題進行接觸交流，兩岸智庫可扮演先驅之角色，探討建立兩岸軍事互信機制及撤除飛彈、海峽中線等問題，以利於穩定兩岸局勢，減輕軍事安全顧慮。
(3)社會制度
台灣由傳統社會走向現代工商社會轉型較為順利，大陸當前正在建設中國特色的社會主義，進入社會全面轉型的關鍵期。兩岸在社會制度結構上大不相同，普世價值的認知也有極大的落差，因此須要有融合的試點，海西平潭先試先行的建構便應運而生，極具有可行性。
(4)政府體制
大陸實際民主集中制，一黨執政，領導人均由指定產生並非通過民選程序，台灣多黨政治、民選產生領導人。
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