鄧利娟指出，近年來，探索兩岸融合發展新路的實踐已取得明顯成效，但兩岸鄉村融合發展畢竟還是一項新生事物，當前面臨三大新問題。
第一個問題，缺乏統一領導，尚未形成有效運行的體制機制。兩岸鄉村融合發展是綜合性系統性的工程，但從目前其各項工作內容的主管部門來看呈現分散多元的局面：台資投資農業及園區建設的主管部門主要是商務廳、發改委、農業農村廳等；鄉建鄉創主要是住建廳、台辦等；基層治理主要涉及民政廳、人社廳等；而文化創意則為主要是文旅廳等，這種運行方式的結果難免造成相關政策碎片化，政策資源分散化，無法協調一致形成合力。以鄉建鄉創為例，住建廳給每個項目補助50萬元，因經費規模小，往往僅夠完成設計部分的費用，而缺乏專案建設資金，或是出現前期規劃建設與後期運營脫節的情況。倘若鄉建鄉創的專案能與農業農村廳、文旅廳及自然資源廳等廳局的鄉村振興領域的專案相結合，就有可能彙集政策資金優勢，形成規模化專案，有利於鄉村整體性協調發展。
第二個問題，對台胞台企“同等待遇”政策措施尚未切實落實。推動兩岸鄉村融合發展，是落實中央對台政策部署的重要舉措，而創造一個較完善的政策環境，確保對台“同等待遇”政策的切實落實至關重要。這方面存在的主要問題如下：其一，有關方面對推動兩岸鄉村融合發展的思想認識不足，往往只將其作為助力鄉村振興的措施，而忽略其更重要的對台工作的政治意義，缺乏推動融合發展的主動性與積極性。其二，有關“惠台”政策存在城鄉差異。其三，落實政策的協調機制不暢通。惠台農業措施的落實往往涉及多領域多部門，常常歸口單位不太明確，難以一次性解決的辦事需求，容易造成各部門相互推諉的現象。其四，政策的通達效果不佳。近年來從中央到省市縣陸續出台了許多有關涉農的惠台政策，但因宣導力度不夠，台胞、台青尚不能便捷、全面及準確地獲取相關資訊，台灣島內民眾由於管道不暢、資訊不對稱更是如此。此外，對於近年台胞、台青投入大陸鄉村建設發展的成功案例宣傳報導的力度也不足。也因如此，涉農惠台政策的社會效應不易隨同政策力度強化而同步放大。
第三個新問題，兩岸鄉村融合發展的主體性不突出。台灣在鄉村建設領域有比較成熟的經驗，他們通常以鄉村社區文化再造為先導，社區居民為主體，並注重保留基層社區治理的地方特色。而大陸近年在鄉村振興中推動兩岸鄉村融合發展則尚屬新生事物，其“鄉村”的主體性尚未形成。一方面，隨著大陸社會經濟的發展，近年鄉村人口流失問題嚴重，大量鄉村人口特別是年輕人湧入城市，鄉村老齡化現象十分明顯，本土鄉村建設人力缺乏，而同時鄉村基層社會治理體系尚較脆弱，整體治理工作還處在探索階段。另一方面，以往兩岸農業交流合作主要是對台招商引資，台商台企是主體；近年實施頗有成效的閩台鄉建鄉創專案主要是鼓勵台灣青年建築師和文創團隊來閩就業創業，助力鄉村振興，整體而言，台商台企與台青要真正融入大陸鄉村社會尚需較長時間，目前台胞實際參與大陸鄉村社區治理和基層社會事務工作人員規模與區域覆蓋面都還明顯較小。實現以村民（包括新村民）為主體、鄉村為中心的兩岸鄉村整合發展顯然還是個長期目標。
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