目前，共有25家機構入選首批國家高端智庫建設試點單位，大體分為四種類型。第一類是黨中央、國務院、中央軍委直屬的綜合性研究機構，共10家，包括：國務院發展研究中心、中國社會科學院、中國科學院、中國工程院、中央黨校、國家行政學院、中央編譯局、新華社、軍事科學院、國防大學。第二類是依托大學和科研機構形成的專業性智庫，共12家，包括：中國社會科學院國家金融與發展實驗室、中國社會科學院國家全球戰略智庫、中國現代關係研究院、國家發改委宏觀經濟研究院、商務部國際貿易經濟合作研究院、北京大學國家發展研究院、清華大學國情研究院、中國人民大學國家發展與戰略研究院、復旦大學中國研究院、武漢大學國際法研究所、中山大學粵港澳發展研究院、上海社會科學院。第三類是依托大型國有企業，只有1家：中國石油經濟技術研究院。第四類是基礎較好的社會智庫，共2家：中國國際經濟交流中心、綜合開發研究院（中國·深圳）。
我國智庫建設中的問題及其應對
智庫建設過程中存在的一些突出問題
定位不清晰，欠缺獨立性。我國現有智庫大部分是受政府資助的事業單位，智庫的運作具有很強的“官本位”色彩。政策咨詢服務往往向官方智庫傾斜，民間智庫很難進入政府的決策咨詢領域。此外，存在智力依附的問題。目前對決策咨詢的價值，還沒有得到充分的重視，相對西方國家形成了智力依附，按照人家思路去思考。一方面，由於西方已經建立起了話語霸權，很容易在思維方式上被這種話語霸權所格式化；另一方面，知識分子不甘於處於邊緣地位，想擠進中心，其途徑就是為國家當局提供智力服務。在此過程中，知識分子很可能就失去了自己的獨立性，不是針對自己國家的獨立性，而是針對中心國的獨立性。
管理體制不健全。沒有在制度層面上給決策咨詢以準確定位，把科學決策、民主決策、廣泛聽取專家及社會各界意見落實下來。
能力欠缺。很多研究課題沒有發揮應有的作用，質量、能力、水平、深度、前瞻性有待提升。智庫服務被動，缺乏自主性、前瞻性。缺乏智庫品牌和“拳頭產品”。
溝通渠道不暢通。有些智庫與政府需求沒有有效銜接，咨詢服務市場不發達，決策者與專家的信息不對稱。
配套機制不完善，經費欠缺。依托學科的地位不明、職能不硬以及生存不易。
影響力不足。與國際著名智庫相比，我國智庫在貢獻新思想、提供有創造性的政策方案方面還有很大的差距，國際化程度也不夠。
解決問題的建議
建立、完善決策咨詢的體制、機制。對政府的決策起到監督和咨詢作用，需要建立健全準確的信息系統、權威卓越的專家系統、快速便捷的反饋系統、公正有效的監督評估系統。
理順決策者和決策咨詢機構的關係。領導是決策的主體，承擔著責任，需要有對意見的識見能力。專家則要保持獨立思考和自由表達，充當參謀和智囊的作用，既要幫忙又不能添亂；既要解決問題又不能越位；既要有正面加深的提議，也要能夠用合理的方式提出參考意見。
政府要轉移出部分職能，發揮社團的服務咨詢功能，在政府和社會公眾的利益之間找到邊界。從政府管理部門分離出一些職能由行業協會或學術社團承擔，如政策研究、決策咨詢、數據統計、市場監管、評估、獎勵與處罰等。明確職責、權力和義務，調動各方面積極性，鼓勵社會公民參與決策過程，使一些有條件和資質的社團組織更多地發揮“智庫”的功能，集中優勢，統籌資源，整合多家社團組織的學科優勢和合作資源，主動參與和推動有關城市治理、國家治理和創新發展等重大問題的研討，打造多學科支撐的高層次的決策咨詢的品牌。
對掛靠在政府部門下的事業單位性質的政策研究機構加以改革。這些機構隸屬於政府部門，相對來說難以獨立於這些部門利益進行研究，或者當其研究的觀點與所屬部門的利益不匹配時難以公開發表。而且，這些事業單位大都由於政府撥款有限，日常運行面臨經費短缺的困難，它們一方面在體制之內運行，另一方面不得不採取市場化的方式來承接一些咨詢項目，等等，這樣實際上削弱了這些機構對重大政策問題的研究能力。對這些機構的改革可以通過分流的方式進行，其中一部分可以納入政府部門，加強政府內部政策研究能力。一些有條件有品牌的政策研究機構可以與政府脫鈎。政府應當對這類機構在一定的年限內保持部分資金支持，使其逐漸孵化成為相對獨立的智庫。
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