與智庫專家相比，專業的智庫管理人才在我國更加稀缺。這三類智庫有政府全額撥款作保障，以政府委托課題作為主要工作內容，管理者的市場意識普遍比較薄弱。雖然我國智庫被界定為非營利機構[14]，但長遠來看，智庫的組織形式將趨於多元化，各類智庫推出的思想產品也將面臨越來越激烈的競爭，即使是政府撥款、委托課題，思想產品使用者選擇的餘地也將越來越大。在未來，僅憑守株待兔式的運營方式將很難維持智庫的發展。為此，就像傳統研究機構的學者要向智庫專家轉型一樣，智庫管理人員也面臨轉型的挑戰。
對此，發達國家的智庫運營模式有三點值得借鑒：（1）設立專門的運營官崗位。目前這三類智庫的管理仍是一把手全方位負責，但不少管理者是學者出身，對經營並不在行。國外很多頂級智庫都像企業一樣設有專門的首席執行官或總經理，負責智庫財務、公關、活動等工作。他們熟悉市場運作，有管理經驗，同時擁有博士或碩士學位，有政府工作經驗，對學界和政界都較為熟悉。也就是說，智庫領導人不一定是優秀的學者，但一定要是出色的活動家。（2）重視公關人員的作用。國際上的優秀智庫普遍將公關部列為最重要的部門，公關人員不僅要有媒體、傳播學等專業知識，還要對整個智庫的方方面面了如指掌，在學術上有足夠的鑒別力，且能和政府保持密切關係。擁有了如此高素質的公關人員，研究團隊便可以安心做研究。比如美國的加圖研究所，研究人員撰寫文章後直接交給公關部，而不必自己費力尋找發表渠道。公關人員會根據文章的內容和觀點尋找合適的政府機關或官員以及出版社報送或發表文章。[15] 在很多優秀智庫中，公關部門與研究部門通力合作，使思想產品的生產和輸出環節無縫對接，大大提升了智庫的影響力。（3）擁有專業的市場團隊。這個團隊主要負責為智庫籌資，與研究部門分離。在調研中筆者發現，我國的民間智庫由於沒有政府資金的保障，市場化程度較高，一般都有自己的市場團隊；但本文涉及的三類智庫普遍沒有市場團隊，智庫一方面感覺資金不足，另一方面又礙於面子不好意思出去籌資。對此，建立專業的市場團隊解決籌資問題將是一個有效的途徑。
“旋轉門”的作用也不應忽視。“旋轉門”目前在我國的主要表現形式是退休官員創建智庫、管理智庫或為智庫做顧問，而研究人員從智庫轉向政界的案例還不常見。拋開運營因素，鼓勵政界和學界人士角色轉換，將有助於構建知識與政策的橋梁，有助於提高智庫思想產品的政策針對性。因此，這三類智庫應考慮制定相應政策，在轉型過程中逐步引入“旋轉門”機制。
在培養智庫人才的同時，完善智庫評估監管體系也是當務之急。雖然增強獨立性是智庫乃至科研機構發展的趨勢，但放鬆對研究過程和研究內容的約束不等於不管。縱觀智庫發展較為成熟的國家，其對智庫的監管是相當嚴格的。一方面是經費的監管，包括經費來源和使用是否符合法律規定，是否透明等；另一方面，對於以政府資金為主要經費來源的智庫，政府會設立相應的監管機構定期對智庫進行詳細地考察，對其資金使用、研究科學性、運營管理水平做出評估，並根據評估報告確定其下一年度的資金配給。對於資金濫用、學術不端、利益交換、管理不善等情況，輕則警告，重則不再給予資金，著名智庫因此倒閉的情況時有發生。
我國的這三類智庫目前存在幾大監管漏洞：一是在課題競標中使出渾身解數，然而一旦拿到資金，後續的研究過程和研究結果便無人過問了；二是不少所謂的智庫專家素質低下，沒有經過扎實的科學研究和田野調查，就信口開河提出政策建議，誤導決策者；三是很多資金沒有用於研發，而是花到了別處。為了杜絕上述現象，適當增加績效管理，並將智庫監管與資金分配適度掛鈎不失為有效的舉措。在我國智庫未來的發展過程中，資金來源多元化將是一個趨勢。無論是公共資金還是私人資金，評估和監管都可為資金投入提供有效的參考依據。
目前，我國還沒有統一的智庫評估和監管體系，智庫基本上只接受本系統上級單位的管理，如高校智庫接受教育部評估和管理等。在智庫建設大潮中，很多與智庫無甚關係的機構、組織，也紛紛將自己命名為“智庫”。對此，有必要盡快出台相關法規，對智庫進行明確的界定，同時對智庫的權利、義務、責任進行說明。這樣做一方面可以清理冒牌智庫，淨化智庫的發展環境，另一方面可以為智庫的興建和轉型提供規範和依據。
值得注意的是，在智庫評估過程中要注意把握時間間隔，對於運營管理的評估時間間隔可以短一些，而對研究成果的評估時間間隔不宜過短，以免科研短期行為的發生。
在智庫組織多元化、資金來源多元化的趨勢下，做好智庫監管可以促進智庫的自律及良性競爭，有助於資金投入回報的最大化，推進智庫市場化進程。
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