在調研中筆者了解到，韓國智庫在發展初期遇到了同樣的問題，其主要智庫也都是政府部門下設的。為解決這一問題，韓國在1999年設立了經濟人文社會研究會，直接受國務總理領導，其主要功能就是確立國家智庫體制的基本框架，並管理分屬於經濟政策部、資源及基礎設施部、人力資源部、公共政策部的23家政府智庫。該研究會的一項重要職責是負責協調各部門智庫的研究方向，並促成智庫的跨領域合作，以此遏制部門利益傾向。[1]
（二）社科院
社科院基礎理論研究歷史悠久，在相當長的時間內也一直承擔著為政府建言獻策的功能。在目前發展智庫的大環境下，社科院被寄予厚望，同時也面臨轉型的挑戰。具體而言，中國社科院和地方社科院的情況又有所不同。
中國社科院學科配置較為齊全，科研人員規模龐大、素質較高，資金充足，政策影響力、學術影響力、社會影響力、國際影響力均在全國名列前茅，作為智庫已經具備了非常好的基礎。筆者認為，中國社科院在轉型中應該著重注意以下幾個方面：一是要保持基礎理論研究的優勢，並使其成為應用研究的強有力支撐。二是要注重培養應用研究人才，在資金分配、課題內容方面向應用研究傾斜，逐漸形成基礎研究與應用研究平分秋色又相輔相成的局面。三是作為唯一的國家級社科院，要將研究重點放在長期性、戰略性研究上，著重解決一些需要理論和科學調查支撐的問題。四是要注意各學科、各二級研究單位的融合，利用好學科齊全的優勢，在培養、建設智庫時有意識地打破各研究所的行政藩籬，整合已有資料、數據、學術成果，更加高效、有針對性地進行研究。
為配合智庫建設，中國社科院正在進行機構改革，以原有研究所、研究中心為基礎，組建了11家專業型智庫，部分按市場化模式運作，在功能上也與傳統學術研究機構區分開來。中國社科院的智庫轉型嘗試或許可以起到示範作用。
相對而言，地方社科院在智庫轉型中面臨的挑戰更大一些。根據筆者的調查，地方社科院在向智庫轉型的過程中主要遇到了以下幾個具體問題：第一，因為研究人員，特別是高級研究人才匱乏，如果向應用研究轉型，就沒有精力顧及基礎理論研究。第二，在經費有限的條件下，地方社科院向智庫轉型，必然會將有限的資源向社會科學研究傾斜，而文史哲等人文學科則會相應萎縮，那麼原有的文史哲研究人員出路何在？第三，地方政府對智庫的認識不足，對地方社科院轉型為智庫、發揮咨政建言功能不夠重視。雖然地方社科院積極主動向地方政府建言，卻沒有得到地方政府的積極回應，使地方社科院對智庫建設心存疑慮。
如何化解？首先，地方社科院已經形成的基礎理論研究優勢不應荒廢。很多地方社科院都有自己的優勢學科，在地方甚至全國都有很高的聲望，這是地方社科院的立院之本，強行將其改為應用研究是舍本逐末之舉，且會挫傷優秀理論研究人員的積極性。第二，地方社科院在建設智庫時，應立足於有限的資源，將主要精力放在發揮地方影響力上。已有的特色學科或專業方向要保持並發揚，如上海自貿區、京津冀協同發展、少數民族問題等，都是極具地方特色又同時受中央重視的研究領域，地方社科院應加強這類領域的投入，提高自己在這些問題上的權威性。第三，地方社科院可以做地區智庫建設的領頭羊，聯合本地區高校、地市級社科院、社科聯、黨校、行政學院、民間研究機構等學術機構，整合資源，規劃分工，以此提高研究效率，增強地區智庫的綜合影響力。廣東省社會科學院從2010年起嘗試籌備廣東省社會科學研究機構戰略聯盟，召集了包括省級研究機構、地市社科院、民間研究機構、高校研究機構在內的30多個聯盟成員，共享知識平台，合作舉辦論壇、開展課題研究。[2] 這樣的聯盟就完全可以為智庫建設所用。
（三）高校下屬研究機構
與黨政軍下設研究機構及社科院相比，智庫對於高校來說是一個新鮮事物。2014 年2 月，教育部正式印發《中國特色新型高校智庫建設推進計劃》，提出在2011協同創新中心和人文社會科學重點研究基地的基礎上建設高校智庫。
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