而新疆伊斯蘭教中國化還存在障礙。新疆伊斯蘭教中國化至今仍然在路上，我們認為存在的障礙主要有以下幾點。
其一，伊斯蘭教自身具有的特點。有的穆斯林學者認為，伊斯蘭教的天啟性和統一性兩大特征，決定了其具有不變性，這就基本上斷絕了伊斯蘭作為一種完整宗教被地方化和本土化的可能。這種觀點現在看來還是比較盛行的。教內和學界有些專家，反對新疆伊斯蘭教中國化的阻力依然存在。
其二，世界伊斯蘭教趨同化的影響。有的穆斯林學者認為，信仰伊斯蘭教的民眾沒有民族、種族、國家的界限，同屬於“烏瑪”（阿拉伯語的音譯，本意為民族。烏瑪是穆斯林最早政教合一的政權），所以要消除民族、地區、國家的因素，以保持在宗教信仰和文化上的高度統一。以禮拜和朝覲為例，全世界的穆斯林每日5次朝同一個方向禮拜，目的在於保持思想的統一和信仰的統一，以及聖地的神聖性。中國伊斯蘭教一些新的教派就是穆斯林外出朝覲之後，模仿沙特瓦哈比等教派而創立的。
其三，新疆民族文化的特殊性。內地信仰伊斯蘭教的民族主要使用漢語言文字，深受中華文化的影響，其伊斯蘭文化相對比較容易中國化。但是新疆信仰伊斯蘭教的少數民族，主要屬於阿爾泰語系突厥語族，中國傳統文化的影響較為有限，在思想、語言、文化等方面尚存在一定的差距。
其四，各種外來影響的干預。歷史上，新疆伊斯蘭教一直受到中亞等地的強烈影響。如今，沙特阿拉伯、土耳其、卡塔爾、伊朗等國家及其宗教團體，競相向新疆輸出伊斯蘭教思想和文化，企圖使新疆阿拉伯化、土耳其化。
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