五都選後蔡英文的領導地位得到鞏固，綠營士氣大振，雖然黨內權力與路線鬥爭會浮上台面，但執政優先仍是黨內最大的共識。五都選舉民進黨以爭奪中間選民為重點，刻意回避與國民黨的“國家認同”之爭、兩岸政策之爭和統獨之爭，以“溫和、理性、務實、負責、執政能力”為號召，在選票突破上收到了一定的效果。在新形勢下，民進黨的兩岸政策肯定會繼續這一做法，向國民黨的“維持現狀”論述靠攏，以此來爭取絕大多數希望兩岸關係和平發展的選民的信任，但骨子裡仍是“台獨”意識形態掛帥。隨著2012選戰的全面開打，國、民兩黨圍繞兩岸政策的爭論一定會重新浮上台面，民進黨必須對全台選民就這一攸關台灣前途的重大問題說清楚講明白，不可能再指望蒙混過關。
（三）激進“台獨”勢力有所嶄獲，將以南台灣為大本營蓄勢待發，會續打“一邊一國”牌伺機作亂，與國共兩黨爭奪民心。
五都選舉的過程與結果也是對政黨輪替後激進“台獨”勢力動向的一次檢驗。選舉期間島內外“台獨”社團重兵雲集南台灣，肆意攻擊歪曲馬英九的大陸政策，不遺餘力地為民進黨、台聯黨和“一邊一國連線”推薦人選助選；涉及召妓醜聞的陳水扁兒子陳致中，以父母推動“台獨”遭受國民黨當局政治迫害大打“悲情牌”，結果居然在高雄市以選區第一高票獲得當選；高雄市長陳菊在台風天大水淹民時睡覺，選舉結果選票非但不減反而大增，民進黨在大高雄和大台南地區的選票較之上屆大增30多萬（不含脫黨參選的楊秋興的選票）。
凡此均表明，“台獨”勢力面對兩岸關係大突破大發展，充滿焦慮和恐懼，並因此而空前凝聚團結，圖以南部為基地卷土重來，與國民黨爭執政權，與大陸爭奪民心；南部選民仍是重顔色、輕是非，“台獨”意識形態深深扎根。
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