西漢後期，其中《樂經》已經佚失，其他五種著作俗稱“五經”，立有“五經博士”，並收納弟子員。到了東漢，《後漢書》和《三國志》已經有“七經”的記載，但卻沒有說明其內容。唐代以《禮記》、《儀禮》、《周禮》取代《禮經》，並將《左傳》、《公羊傳》、《谷梁傳》列為《春秋》三傳，改“五經”為“九經”，立於學官，用於開科取士。
到了宋代，宋太祖偃兵息武，重用讀書人，奠下儒學復興的契機。朱熹（1130-1200）是儒學第二期發展最重要的核心人物。在道教傳奇人物陳摶（872-989）《龍圖易》的影響之下，他綜合北宋四子對於大易哲學的“易理派”詮釋，以及邵雍（1012-1077）的“象數派”思想，而發展出自己的理學思想體系，同時以之作為基礎，編訂《四書章句集注》。
當時的儒家經典以既有的九經，再加上《論語》、《孝經》、《爾雅》，為十三經，其內容已經十分龐雜。《大學》和《中庸》原本是《禮記》中的兩篇文章，朱熹將之取出，又將《孟子》從“子”部取出，使其列於“經”部，跟《論語》一起合稱“四書”，並加以註釋。
宋亡於元之後，元仁宗（1825-1320）接受其儒師王約的“興科舉”的建議，於皇慶二年（1313）下詔，以朱熹的《四書章句集注》為所有參加科舉考試者的指定用書，並以朱熹和其他宋儒注釋的《五經》作為漢人科舉考試增釋科目的指定用書，確立了儒家思想的正統地位，對中國後來的歷史發展造成了重大的影響。
2、“良知理性”的分裂
任何人做一件事，必然有他的意圖，也可能有他自己意想不到的後果（unintended consequence）。朱熹之所以會作出這樣的調整，主要是因應外在政治和社會環境的變遷：先秦儒學以《詩》、《書》及六藝教授弟子；漢代古今文經學側重“三綱五常”；到了魏晉南北朝，政治動盪，社會不安，佛、老盛行。魏晉清談源自易、老、莊三玄；隋唐佛學則是以譯經及自造的經典作為基礎。在這樣的時代衝擊之下，朱熹主張通過“道問學”的途徑，來達成“尊德性”的目標；希望通過“窮事物之理”，來尋求“理”的客觀準則，以建立“理學”，所以決定以“四書”取代“五經”，將先秦儒家思想打造成首尾一貫的“文化系統”，其重點則在於培養儒家的“士”。 |
