成功大學公共衛生研究所陳美霞認為，台灣公共衛生體系的市場化是台灣當局在經濟和政治的指導思想上擁抱西方力推的新自由主義，推動“簡政放權”的結果。在李登輝時代，台灣當局開始“瘦身”、“裁員”，將某些社會治理功能讓給“社會力量”。2000年陳水扁上台後，這個進程得以加速。台灣當局建立“政府組織改造委員會”，推動“四化”，分別是“去任務化”、“地方化”、“行政法人化”、“委外化”。原屬於政府機關的業務，被要求委托給民間機構辦理。私人醫療機構相對於公立機構的優勢的建立和擴大，是“去任務化”和“委外化”思想在公共衛生方面的反映。
無論公立、私立，醫療機構都要為病患服務，只要能解決問題就是合格的醫療機構。台灣的衛生體系不斷擴張，醫院、診所數量越來越多，它們使用的設備也越來越先進。然而陳美霞認為，隨著台灣公共衛生體系的市場化進程，台灣的公共衛生事業卻出現倒退，特別是在傳染病、慢性病的防治方面，無法滿足社會的需求。2003年的SARS疫情就是證明。這背後的原因是與市場化相伴的另一個問題：“醫療化”。
四、台灣公共衛生體系“醫療化”演變
當代台灣公共衛生學術界認為，公共衛生事業有2個部分：防患與醫療。從1950年代到1970年代，台灣當局發展公共衛生事業的指導方針是“基層預防性公共衛生建設優於醫療建設”。簡而言之，“不治已病治未病，不治已亂治未亂”，當時的政策強調“防患於未然”。
防患與醫療是2個概念，既有聯繫，又有區別。疾病，特別是傳染病、慢性病的預防性工作是一件紛繁複雜的工作，要求政府持續投資，也要求發動民眾、社區力量積極參與。從政府機構來看，預防工作需要執政當局頂層設計，不但有衛生部門直接參與，還需要社會、經濟、公共安全，甚至外事部門相互配合。
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