對此，兩名被告人均表示很冤枉，“其他同事也在做同樣的事情，只要跟別人簽合同，就可以去科研處領經費。”敖紅認為，自己多年來都只是個講師，就是因為不能參與科研項目，拿不到數據，出不了高質量的論文，因此“打擂台”時每次都落敗。她曾要求不做這個主任，但被領導拒絕。
黃愛民更是覺得不可思議，“校長曾在大會上號召大家開展科研項目，難道不允許？”他認為，如果不許一個教師開展科研項目，那他就沒法在學術、職稱上前進，這是很粗暴的規定。而且，自己能做很多技術含量高的項目，例如建模、打針、灌胃等，如果只是承擔行政職責而放棄多年積累的技能，顯然不合理。
敖、黃的辯護人都認為，“這個所謂規定只存在於動物部的會議記錄，但至今我們也未見真容。這條所謂規定，不僅違背了復旦大學主管科研的科技處的相關規定，也未經庭審質證。如果以這樣一份道聽途說的證據作為量刑依據，顯然不當。”
激辯焦點之二是，一審法院認定的貪污金額是否合理？量刑是否過重？
實驗動物需要特定的溫度、濕度、氣溫、噪音、飼料、飲水等條件，工作人員的職責就是維持這一標準，為實驗的動物提供打針、灌胃、造模、轉基因保種等服務，記錄死亡的數字。敖紅介紹，動物實驗室一般只是代養、管理大鼠、小鼠，明碼標價一天多少錢。
按照敖紅、黃愛民的陳述，他們“接私活”不是接這樣差不多的，而是例如保種、模型等，這種服務產生的利潤較高，能套取更大的利潤。有些是上課的研究生找到他們，覺得效果不錯，後來又多次合作。
辯護律師認為，不能把兩人的勞動報酬、合理支出等也算入貪污金額，147萬元的金額太高。原審法院認為，不論是以動物部名義承接的業務，還是以被告人名義承接的業務，凡是利用動物部的公共服務平台的資源包括人力資源完成的，其收益理應歸屬於動物部。
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