教育部
10高校5億收入未上繳
【問題】 2011年，所屬科技發展中心6月收到部撥博士點基金預算資金3億元，但至12月30日才向承擔有關課題的高校撥付2.91億元。
2011年，所屬北京郵電大學等3所高校擴大支出範圍，在項目支出中列支設備購置和教學費用等基本支出2406.74萬元。
2011年，所屬部分高校執行“收支兩條線”政策不嚴格。其中：所屬10所高校未按規定上繳各項收入共58677.74萬元；北師大未將5個網絡教育學習中心所收學費246.63萬元納入法定賬册核算和按規定上繳。
【整改】 10所高校已將學費收入等58677.74萬元按規定上繳。其他問題正在整改。
科技部
10項目未入庫涉及15億
【問題】 2011年，部本級申報和承擔的45個項目中，有10個未納入項目庫，涉及金額153400萬元。其中，年中追加的3個項目無申報文本，涉及9650萬元。
2010年和2011年，主管的中國科技產業化促進會以購買辦公用品等名義虛列支出，分別購買購物卡14.77萬元和11.34萬元。
2009年，主管的中國科技產業化促進會將正式成立前企業捐贈價值22.31萬元的1輛汽車登記在管理人員個人名下，至2011年底仍未辦理車輛變更手續。
【整改】 已糾正使用不規範票據問題，其他問題正在整改。
工信部
未報預算發放津貼433萬
【問題】 2011年，部本級在未編報預算，動用以前年度結餘資金433.93萬元發放津貼補貼。
2011年，部本級審核把關不嚴造成項目單位重複申報並分別獲得兩個項目專項資金166萬元和120萬元。
2011年，所屬軟促中心通過簽訂虛假設備租賃合同，將科技重大專項資金416.2萬元轉移至兩家民營企業，在扣除37.27萬元手續費後將餘額以服務費名義轉回部屬其他單位。
【整改】 問題正在整改。
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