在這次考察以後，美濟礁開始有了長期駐地的船只和人員，承擔著生產和管理的日常任務。
1995年1月底一艘被中國海軍釋放的菲漁船船長向菲政府報告：他和他的船員在美濟礁被中國軍隊拘留了一個星期，而且，中國正在美濟礁修建建築物，美濟礁爭端由此開始。
隨後，2月8日，菲律賓時任總統拉莫斯就此事發表講話，指控中國軍艦“侵入”菲律賓聲稱擁有主權的南沙海域，並在菲律賓“所屬”的美濟礁建造軍事設施。中國外交部全盤否認了菲律賓的指控並作了詳細解釋。
然而，菲律賓無視這些解釋，隨即作出軍事反應，把所有的戰鬥機調到南沙群島，在卡拉延群島增加駐軍。
3月底，菲律賓出動海軍，把中國在五方礁、仙娥礁、信義礁、半月礁和仁愛礁等南沙島礁上設立的測量標誌炸毀。甚至還派出海軍巡邏艇，在空軍飛機的支援下，突然襲擊了停靠在半月礁附近的4艘中國漁船，拘留了船上62名漁民，指控他們“非法進入菲律賓專屬經濟區捕魚”、“非法破壞海洋自然環境”。
菲律賓軍方蓄意將爭議升級，5月12日晚，菲律賓派出一艘登陸艦和一艘護衛艦，組織了39名各國記者到美濟礁進行所謂“實地採訪”，計劃發動一場宣傳戰，企圖使美濟礁事件引起國際關注。
次日晨5時30分，正在這裡執法的中國南海區漁政漁港監督管理局“中國漁政34號”船駛出美濟礁。當載有記者的菲律賓軍艦駛近美濟礁企圖強行進入時，34號船將它們攔截在美濟礁8海裡之外的地方，不讓其進入。34號船與配有兩架武裝直升機的菲律賓登陸艦和配有7門大炮的護衛艦周旋了8個多小時。
14時10分，菲艦停車，巨大的船頭直對著34號船的船舷。34號船把對方截住，扯著嗓門喊話。菲艦不作聲，轉而將火炮全部指向34號船。雙方對峙70多分鐘，因為無法突破中國漁政船的攔截，菲指揮官只好下令艦載直升機起飛，運載記者進入美濟礁上空。
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