1913年8月到1916年3月，斯坦因第三次考察中亞，重訪新疆尼雅、安德悅、米蘭和樓蘭遺址後，從1914年5月起，經安西到酒泉，前往喀拉浩特。除在敦煌酒泉一線漢塞烽隧再次挖掘外，還在黑城地區（喀拉浩特）挖掘了大量西夏、吐蕃、回鶻文文書。這次掘獲的166枚漢簡先交沙畹考釋，沙畹逝世後，又轉交其高足馬伯樂繼續工作。其時，中國學者張鳳在法國受業於馬伯樂，回國時帶回了馬伯樂存放的斯坦因第三次中亞考察時所獲簡牘照片和出土編號。1931年，張氏在上海有正書局出版了《漢晉西陲木簡匯編》，其中將斯坦因第二、第三次所獲簡影匯為一編，並對第三次發現的簡文作了考釋，讓國人提前20多年看到了這批簡牘的全部內容。而馬伯樂的著作《斯坦因第三次中亞考察所獲漢文文書》，遲至1953年才在其妻子的多方奔波下得以在倫敦出版。
居延漢簡的發現是中瑞西北科學考察團的重要成果。它同此前幾批漢晉簡牘的發現有著不同的國際國內環境。首先，它不同於清末民初那種外國探險家利用中國政府的昏庸愚昧而隨意胡挖濫掘的盜掘行為，而是由章程和協議規範約束的科學考察；其次，考察團團長由中瑞雙方共同出任，考察團成員由中外科學家共同組成；再次，考察經費由斯文赫定籌措，考察成果由雙方發表。尤其重要的是所獲文物必須留在中國，不許帶出國境。考察團的考古學家有瑞典的貝格曼和中國的黃文弼。黃文弼先生曾在樓蘭土垠遺址發現漢簡72枚，而貝格曼則在居延地區掘得漢簡10200多枚，這就是著名的居延漢簡，是有史以來出土數量最多且內容十分重要的一次重大發現。兩漢的居延地區隸屬河西四郡的張掖郡。兩漢政府不僅在此先後設置了居延縣、張掖居延屬國，還修築障塞烽隧，設居延都尉和肩水都尉屯兵駐守。這10000多枚漢簡就是當時管理和駐守此地的軍政系統留下的歷史檔案。
1949年以後，陝西、青海、新疆等地都有陸續發現，但較為重大的發現大都集中在甘肅，下面分地區叙述之：
武威漢簡武威簡主要包括《儀禮》簡、王杖簡和醫藥簡。《儀禮》簡是1959年在武威磨咀子6號漢墓發現的。整理者根據內容和形制分為甲、乙、丙三種。甲種本378簡，有《士相見》、《服傳》、《特牲饋食》、《少牢饋食》、《有司徹》、《燕禮》、《大射》七篇，除《士相見》一篇完整外，其餘六篇均有缺失。乙種本只有《服傳》一篇，37簡，同甲種《服傳》內容相同，只是簡形短小狹窄，字小而密。丙種本34簡，《喪服》經一篇。根據陳夢家先生研究，武威簡本《儀禮》既不是今文的兩戴本，也不是劉向的古文本，而很可能是慶氏禮的一部分，對於我們研究《儀禮》的版本、流變、思想內容和文字訓詁具有重要意義。王杖十簡也是1959年在磨咀子18號漢墓出土的。1981年又在該地發現《王杖詔令册》26枚。二者互為補充，記錄了兩漢時期尊禮高年、優撫老人的詔令和案例，是研究古代社會保障制度和倫理關係的重要資料。武威醫藥簡，1972年出土於旱灘坡東漢墓。共92簡，包括30多個醫方，涉及內科、外科、婦科、五官科、針灸科等。總共用藥100多種，其中見於《神農本草經》者69種，見於《名醫別錄》者11種，兩書未經記載者20多種，是我國醫學的重要遺產。
居延新簡沿額濟納河流域、從金塔到額濟納河下游居延海大約250千米的地段，在兩漢時期分屬肩水都尉和居延都尉。上世紀30年代在此發現的漢簡通稱為居延漢簡。為了區別，我們把1949年以後在該地區發現的漢簡統稱為居延新簡。居延新簡的大宗是1972—1974年間在甲渠候官遺址、甲渠塞第四隧和肩水金關三個地點發掘的。甲渠候官（破城子遺址）出簡7944枚，第四隧出簡262枚，肩水金關出簡11000多枚，總共20000多枚。這是居延漢簡的又一次重大發現，數量相當於30年代出土的兩倍，而且內容豐富，完整或基本完整的册書就有70多個。最早的紀年簡為昭帝始元二年（前85年），最晚為東漢安帝永初五年（公元111年），前後跨越200多年，是研究這一時期西北地區政治社會和歷史文化的第一手資料。居延簡的又一次重要發掘是1999、2000、2002 三年間由內蒙古考古所陸續完成的。發掘地點分別是第七隧、第九隧、第十四隧、第十六隧、第十七隧、第十八隧和察幹川吉烽隧7處，掘獲漢簡500餘枚，其中王莽時期的册書頗為重要，現以“額濟納漢簡”命名之。
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