在佛教各宗派中，禪宗在金陵流傳最久，影響最大。貞觀元年（627），禪宗四祖道信的弟子法融（又稱慧融）來到金陵南郊牛首山支脈祖堂山悟道修行，創立了牛頭禪法。法融著有《心銘》。此宗在於“排遣多言，著眼空寂”、“菩提本有，何須用守”，這種思想成為後來的南宗先聲。弟子及再傳門人有智嚴、慧方、法持、智威、慧忠等。至八世紀習此禪法的還有鶴林玄素、徑山法欽、鳥窠道林等人。當時，牛頭禪法在常州天寧禪寺、鎮江鶴林寺等江南名刹都有傳承，至唐末漸衰。後由日本僧人最澄傳入日本。南唐時期，文益禪師被中主迎至金陵，住報恩禪院，後建清涼寺。針對當時禪宗不通教理的弊端，他撰寫了《宗門十規論》等，大力提倡研究教理，學習《華嚴經》。文益去世以後，中主賜謚為“大法眼禪師”，塔號“無相”。於是，文益開創的法系便被稱為“法眼宗”。吳越末年，高麗王派36名僧人隨文益的再傳弟子延壽學法，此宗遂由此傳入朝鮮，盛行海外。
宋代以後即成為佛教各宗派共同信仰的淨土宗，一直在金陵廣泛流傳。被列為南宋淨土祖師之一的宗頤於宋哲宗元祜年間（1086—1093）住持長蘆寺，以主張禪淨雙修聞名。
瘞藏聖物
南京供奉佛舍利歷史悠久，也是中國歷史上瘞藏聖物最早、最多的城市。
釋迦牟尼佛茶毗後，其真身舍利被摩揭陀國、釋迦族等八國建塔供養。阿育王即位（前273年—前232年）後，重新分佛舍利供奉，使其流傳東南亞及中國。南京供奉佛舍利歷史悠久，也是中國歷史上瘞藏聖物最早、最多的城市。
中國佛塔之祖是洛陽白馬寺塔，建於東漢，而中國之有佛舍利塔——阿育王塔，始於三國吳時建康。孫權建造建初寺並阿育王塔，供奉康僧會請得的舍利，開始了南京先後十次瘞藏聖物的歷程。
東晉孝武帝寧康（373－375）中，僧人慧達（劉薩河）至京師建康，在長幹塔下挖掘得三石碑，中央碑覆中有一鐵函，函中又有銀函。銀函裹金函，金函裹有三舍利，又有一爪甲及一發。發神長數尺，卷則成螺，光色炫耀。據《南朝佛寺志》卷上記載，慧達“複於其地建寺，造三級塔，遂稱其寺為長幹寺。梁時大加興建，號為阿育王寺”。
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