瓦肯多夫指出，在暫不考慮海基彈道導彈防禦系統部隊結構的前提下，其單位成本要比選擇相應的陸基系統高出很多。而奧巴馬政府計劃的第二階段似乎就反應了這一點。如果陸基系統因壽命周期成本低廉而更受到青睞，那麼海軍就應該縮減其在海基彈道導彈防禦系統上的投資，僅僅維持其必需的能力，直至陸基系統完全替代海基系統。
瓦肯多夫指出，除提高海軍能力所需成本之外，對於一次軍事行動而言，政策制定的重要性也是毋庸置疑的。在一個預案中，當東地中海緊張形勢加劇的時候，具備彈道導彈防禦能力的軍艦就會部署到這片海域。不過，這並不能實現布什時代的彈道導彈防禦計劃：同時攔截多達5枚彈道導彈的24/7 BMD能力。只要伊朗繼續繼續拒絕接受國際武器控制檢查、進行包括隱蔽設施在內的核燃料濃縮項目、發展各種彈道導彈，那麼美國就需要在歐洲長期部署海軍彈道導彈防禦能力。
有些人建議稱，華盛頓制定新政策的一個原因就是海基彈道導彈攔截系統的成功。2008年2月，美國海軍在西北太平洋成功利用一枚海基攔截導彈摧毀了一顆失控的間諜衛星。雖然此次行動證明了海基攔截導彈擊殺距離地面大約250公里處目標的能力，但在這一案例中，美海軍早在數月之間便確定了目標軌道，用來發射導彈的軍艦可選擇最佳位置。自然，在實際彈道導彈威脅情況下，必然不會出現這種情況。目標及發射點的不確定性進一步加劇了中程彈道導彈攔截火力控制複雜化。
瓦肯多夫稱，對於執行彈道導彈使命的軍艦而言，另外一個挑戰就是來襲導彈發射後非常短暫的反應時間。即便是一艘軍艦所在位置非常適於攔截導彈，但探測、跟蹤及發射SM-3攔截導彈也需要花費數分鐘的時間。如果軍艦正處於導彈飛行軌跡之下，那麼發射攔截導彈所需時間就會減少。不過，即便是擁有最好的指揮及控制通信系統，發射攔截導彈的決定也必須遵循交戰規則。然而，在實戰中，根本不會有足夠的時間來讓非艦上人員來審查並通過具體攔截導彈發射的決定。因為彈道導彈很可能攜帶大規模殺傷性彈頭，所以發射攔截導彈還屬於政治層面的決定。而且，散落的彈頭還可能會對中立或友好國產生影響。
瓦肯多夫表示，肩負彈道導彈防禦使命軍艦的備戰狀態也會對政策決定產生影響。美國具海軍彈道導彈防禦能力的軍艦屬於多任務艦，一旦肩負24/7彈道導彈防禦使命，它們在大範圍海域機動的能力就會受到限制。與此同時，軍艦其他戰鬥能力也可能會下降。雖然這對軍艦執行彈道導彈防禦任務的能力並無影響，但能力的削弱勢必會對其可能擔負的其他使命產生負面影響。而且，對連續自衛式巡邏的厭倦，也會對艇員士氣產生不利影響。雖然好的領導可以克服多種挑戰，但在制定作戰方案時，必須要考慮到這些因素。如果海軍將彈道導彈防禦使命賦予大量軍艦，那麼它們就無法參加非洲東海岸打擊海盜行動、支援南美禁毒行動或其他這些軍艦通常負責的重要任務。
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