奧本海默的共謀確實給他帶來了威望和機會。然而，他浪費了這一點，並在核武器的使用和未來問題上輸掉了四場關鍵的政治鬥爭：示威攻擊、在波茨坦會議上開始談判、戰後軍備控制建議以及不爭取更多的利益，比如威力強大的氫彈。
1945年5月31日，政府原子研究咨詢小組“臨時委員會”會議議程上的兩個關鍵問題是如何使用原子彈以及如何與蘇聯溝通。奧本海默、洛斯阿拉莫斯的絕大多數科學家，甚至德懷特·艾森豪威爾將軍，都支持對一座空島進行襲擊。但哈佛大學校長詹姆斯·科南特卻建議“建立一個重要的戰爭工廠……周圍環繞著工人的房屋”。
在這次關鍵的決策會議上，奧本海默並沒有反對以平民為目標，而只是注意到炸彈的視覺效果和同時打擊的可行性。當格羅夫斯獲得批准將西拉德等持不同意見的科學家從該項目中清除時，他也保持沉默。奧本海默認為，他用這些背叛換取了一個承諾，即蘇聯將被明確告知炸彈及其計劃使用情況。這些討論意味著蘇聯不會以一種可怕的方式措手不及，從而刺激軍備競賽。但相反，在三位一體試驗成功後不久的波茨坦會議上，杜魯門與蘇聯領導人斯大林的會面中，只是漫不經心地、含糊地提到了一種新武器，並沒有與他的對手進行認真的討論。奧本海默在這兩點上都失敗了。
日本原子彈爆炸後，奧本海默第一次見到杜魯門時，出於沮喪和激動，奧本海默脫口而出：“我的手上沾滿了鮮血。”杜魯門多年來一直在思考這個問題，重述和修飾這個軼事，有一次他聲稱他拿出手帕說：“好吧，在這裡，你想擦擦你的手嗎？”他離開後，杜魯門立即稱他為“哭泣的嬰兒科學家”，並且永遠不會再相信他。
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