實際上，多年來，這些任務模塊的研發與使用進度並不一致，有的任務模塊後來乾脆被“剔除”，主要原因就是在技術與製造環節，一些問題尚未找到解決方法。
瀕海戰鬥艦的水面作戰模塊，主要包括直升機、“長弓地獄火”反艦導彈、30毫米口徑自動炮和剛性充氣艇等。這一模塊已經研發成功並部署，目前仍在持續升級。
相比之下，瀕海戰鬥艦的水雷戰模塊有些“難產”，其研發和部署遲滯了多年。根據公開資料，水雷戰模塊的重要組成部分“刀魚”中型反水雷無人潛航器和無人感應掃雷系統，分別於2021年和2022年才交付和達到初始作戰能力。2023年，瀕海戰鬥艦的這一任務模塊和AN/AQS-20聲呐探測組件獲得初始作戰能力。2024年，美國海軍獨立級堪培拉號首次搭載反水雷無人水面艇執行任務。
瀕海戰鬥艦的反潛模塊在各個任務模塊中研發進展最慢。反潛模塊包括一個多功能拖曳陣列、SQQ-89水下作戰系統和雙模陣列發射器等。因為存在技術問題，反潛模塊的測試和認證工作一再推遲。最初計劃在2019年使反潛模塊獲得初始作戰能力，後來推遲到2021年。2022年3月，美國海軍最終決定，不再為瀕海戰鬥艦安裝反潛模塊，未來該任務交由星座級導彈護衛艦來遂行。
事實上，即使瀕海戰鬥艦3個任務模塊全部研發成功，也無法做到“即插即用”。原因在於，已經研製成功的任務模塊，不僅換裝過程冗長，而且在實際操作時必須停靠在具備一定條件的港口才能實施。
各種瓶頸的存在，使得瀕海戰鬥艦項目成本飈升。根據2022年2月美國政府問責局的一份報告，美國海軍瀕海戰鬥艦項目的行動和保障費用達600億美元。這一數字幾乎是2011年預估費用的兩倍。
企圖憑借新武器裝備“續命”
在巨額的成本超支壓力之下，瀕海戰鬥艦項目一時陷入困境。美國海軍不得不做出決定，讓部分瀕海戰鬥艦提前退役。
在美國2023財年預算方案中，計劃一次性提前退役的自由級達9艘。一般來說，瀕海戰鬥艦的計劃服役年限是25年，而這9艘自由級當時的平均服役年限還不到4年，全部建造成本高達45億美元。美國海軍安排其退役也有理由：一是2021年的一次評估結果表明，當時的瀕海戰鬥艦採購數量超出了需要；二是提前退役這些瀕海戰鬥艦，每年可以節省5000萬美元的維護費用。
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