1993年，《四庫全書存目叢書》編纂出版工作委員會於北京大學成立，並邀請杜澤遜擔任編委，專門對“存目”書籍傳世版本進行調查鑒定工作。
1994年，杜澤遜來到北京大學，投入“存目”編纂工作中。“將‘存目’中的古籍原原本本影印出來，絕非易事，要進行細致的鑒定核校工作。”為了高質量完成古籍整理工作，杜澤遜幾乎每天都要工作超過12個小時。
歷時4年，1997年10月底，《四庫全書存目叢書》編纂工作完成。在叢書編纂過程中，杜澤遜閱覽“存目”書籍善本5000餘種，叢書共計1200册、200多萬頁。此後，他又把目標定在《四庫存目標注》，直到2007年，這套書最終出版。
“讓古老典籍重煥生機，我們責無旁貸”
2022年，山東省啟動大型文脈工程——《齊魯文庫》編纂工作，《齊魯文庫》共分典籍、研究、史志、紅色文獻等九編，成書規模約13億字，共計4000多册。2023年秋，《齊魯文庫》首批成果在山東曲阜尼山講堂亮相，首批成果170册，收入264種經典古籍，影印清晰，裝潢精美。
其中，《齊魯文庫·典籍編》收錄有關山東的傳統古籍，分為經、史、子、集四大部。作為《齊魯文庫·典籍編》主編，杜澤遜帶領團隊一道搜尋海內外圖書館、博物館等公共收藏單位以及私人收藏中的相關文獻，讓更多藏在“深閨”的典籍版本與大眾見面。
“系統收集整理文獻，把珍貴古籍影印出來，這是幫助學者閱讀、整理、注釋古籍的可靠方式，也是保存古籍原貌、賡續文脈的必要手段。”杜澤遜說。
例如，在清朝道光時期，山東的金石學研究處於全國前列，其中的代表人物便是金石學家陳介祺。編纂過程中，項目團隊從國家博物館得到陳介祺手稿，仔細分辨發現其中包含6種古籍，掃描影印後，將其全部收錄進《齊魯文庫·典籍編》。“這是6種古籍第一次出現在公眾視野中，對於我國金石學研究大有裨益。”杜澤遜說。
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