1985年，山東大學古籍整理研究所開設第一屆研究生班，杜澤遜毫不猶豫選擇報考。讀研期間，他刻苦鑽研版本學、目錄學等專業課程。1987年，研究生畢業的杜澤遜留校任教，擔任歷史學家王紹曾教授的助教，全身心投入文獻典籍整理研究工作。
“一次淘書經歷開啟了15年的研究之路”
1987年開始，杜澤遜跟隨王紹曾參與《清史稿藝文志拾遺》編纂工作。此後，杜澤遜多次趕往北京送稿。每次到北京出差，杜澤遜都有一個習慣——去琉璃廠淘古書。
1992年冬天，來北京送稿的杜澤遜照例到琉璃廠淘書。尋覓半日，杜澤遜發現了一套四册的《四庫全書附存目錄》刻本。“《四庫全書》是我研究生階段的研究重點，這套書可以幫助我對‘四庫全書存目’進行細致研究。”杜澤遜回憶，“沒想到，一次淘書經歷開啟了15年的研究之路。”
《四庫全書總目》共記載1萬多種書，其中約1／3被收入《四庫全書》，而6793種書沒有被收錄，只出現提要，稱作“四庫全書存目”。“‘存目’書籍中不乏顧炎武、湯顯祖、袁宏道等名人的著作，研究整理這些書籍的版本、特徵等，對於推動古籍傳承具有重要意義。”回到濟南後，杜澤遜迅速投入“存目”研究，著手撰寫一份“存目”傳世情況的詳盡調查報告。
杜澤遜買了十幾個硬皮本子，和妻子分工協作，把“存目”中6793種書的書名、卷數、著者及朝代細致謄抄。一有出差機會，杜澤遜就揣著本子，到當地尋找相關書籍的下落。
正當杜澤遜緊張收集“存目”書籍、對“存目”進行研究時，第三次全國古籍整理出版規劃會議召開。會上，原文化部文物鑒定委員會委員周紹良提議編印《四庫全書存目叢書》。知道這一消息後，杜澤遜將自己的研究計劃整理出來，郵寄給相關單位的多位專家。很快，專家們回信表示支持。
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