雖然名為“公司”，荷蘭東印度公司實際上是一個暴力集團，不僅擁有艦隊和雇傭兵，還可以發行貨幣，與相關國家訂立條約，對海外占領地實行殖民統治。據統計，在其近200年的歷史中，荷蘭東印度公司共經歷了約800次大大小小的武裝衝突。
曾在該公司成立初期兩度出任荷屬東印度總督的揚·彼得鬆·庫恩以冷酷無情著稱。1621年，他為獨占肉豆蔻貿易，下令屠殺了班達群島上1.5萬名居民中的絕大部分，被印尼人稱為“班達屠夫”。
他在1614年寫給公司高層的一封信中毫不避諱地說：“根據經驗，各位應該知道，衹有諸位掌控的武器才能為驅動和維持與亞洲的貿易提供保護，而這些武器則必須由貿易的利潤來支付。也就是說，沒有戰爭就無法進行貿易，反過來，沒有貿易也無法進行戰爭。”
戰爭和殺戮的目的，是確保荷蘭東印度公司壟斷盡可能多的貿易和航線，賺到盡可能多的錢。在控制香料貿易後，荷蘭東印度公司開始在印尼大量投資開發各類種植園，先後引進可可樹、茶樹、煙草、橡膠樹、甘蔗等外來經濟作物，並為此從周邊地區招募甚至騙來大量苦力。
因暴力而崛起，也因暴力而衰落。隨著18世紀80年代荷蘭在第四次英荷戰爭中戰敗，荷蘭東印度公司再也無力維持運營，最終於1799年被解散，其管轄的殖民地被荷蘭政府接管。
為進一步壓榨殖民地資源，荷蘭殖民當局於1830年推出“強迫耕種制度”，要求當地人必須將20%的土地用於種植靛藍、咖啡和糖等出口經濟作物。實際上，殖民當局征用了太多土地，導致當地人幾乎沒有土地可以用來種植糧食作物，出現了餓殍遍野的慘狀。
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