但這並非劍指台灣特定半官方駐港機構或正常交流的非政府組織（NGO）。儘管《港區國安法》規定勾結外國或境外勢力危害國家安全罪，但條文沒直接點名台灣；然在實施細則卻凸顯台灣，很明顯是針對“台獨勢力”，尤其2019年《反逃犯條例》修正風波，大陸政府及香港府已注意到有“台獨”勢力介入，因此有必要對“台獨”勢力或台灣政治性組織進行情報搜集與案件追蹤。
最後，台灣官方駐港機構，主要是“台北經濟文化辦事處”；實施細則提及政治性組織並非完全劍指台北經濟文化辦事處。不是泛指一切與台灣有關組織，並不影響台灣在港合法設立的半官方或民間NGO運作。除非上述機構涉及《港區國安法》所規範違反事項，只要從事與“港獨”與顛覆國家政權有關活動，即是執法主要對象，“台獨”與“港獨”交流互動方式往往以非政府組織形式運作，這些非政府組織成為主要打擊面向。
准此以觀，既有台灣駐香港組織在香港運作必須非常謹慎，若是純粹為經濟文化等台港交流事務，其運作當不會受到阻礙；但若涉及香港政治性議題，恐須謹慎對待；一旦跨越敏感性政治性議題，恐成為新國安法處置對象。《港區國安法》實施細則明載台灣，這是“有地放矢”而非“無地放矢”，明顯“劍指”台灣政治社會組織支持香港政治異議人士及《反逃犯條例》修正風波運動，尤其相關泛綠政治聯盟如民進黨、“時代力量”黨等領導精英或其他黨派領導精英皆曾公開表態力挺香港《反逃犯條例》修正運動，接待香港眾志前秘書長黃之鋒等人來台拜會，類似拜會活動極易被影射指控連結境外勢力。
《港區國安法》及其實施細則通過後，未來台灣相關官方機構、政黨組織在接觸香港政治異議人士時，恐陷入兩難尷尬角色，若欲接見之恐觸犯國安法，影響駐香港機構運作及惡化港台關係；若一再澄清“從未介入香港情勢”，恐也會遭香港政治異議人士批評“撇清關係”、“口惠實不至”。無論如何，通過《港區國安法》及其實施細則，不僅對香港政治社會組織及社會抗爭，產生嚇阻效應不利於其集體動員；同時阻斷香港社會政治異議人士與境外勢力的串聯連結，進而防止“港獨”與“台獨”匯流。 |
