蔣介石於1949年1月21日，宣布下野，返回奉化，徜徉於武嶺山水，閑雲野鶴，謀定後動。李宗仁等人要求蔣介石出國，不再過問政事，遭到拒絕。蔣介石不斷召見國民黨軍政要人，對陳誠、孫立人好言安撫，竭盡籠絡之能事，又派宋子文赴台灣。聞美國插手台獨，蔣介石令王世傑在台北發表談話：“台灣自1941年中國對日宣戰宣言廢除《馬關條約》起，即在法理上回歸中國，決不是地位未定的軍事占領區，國人要提防外國帝國主義直接或間接控制台灣的企圖”。
4月24日，解放軍占領南京。蔣介石離開奉化，直赴上海，徘徊於舟山群島，於5月16日急電陳誠，擬赴台北。陳誠為難，24小時後方回電，歡迎蔣介石來台。蔣介石無奈，於5月17日直飛澎湖馬公海軍基地。不久，陳誠、孫立人等高級將領赴馬公，面見蔣介石。26日，蔣介石宿於高雄。6月20日，蔣介石悉“盟總對於台灣軍事頗為顧慮，並有將台灣由我移交盟國或聯合國暫管之擬議”，聲明“餘必死守台灣，確保領土，決不能交還盟國；如彼願助我力量共同防禦，則不拒絕”。急電麥克阿瑟，“台灣移歸盟國或聯合國暫管之擬議，實際上為中國政府無法接受之辦法。因為此種辦法，違反中國國民心理，尤與中正本人自開羅會議，爭回台、澎之一貫努力與立場，根本相反”。
蔣介石於6月底赴台北，建立“總裁辦公室”，坐鎮指揮。訪問菲律賓、南朝鮮，以防萬一退出中國領土後，在海外建立“流亡政府”。在盟軍駐日本最高指揮官麥克阿瑟將軍的支持下，蔣介石派彭孟緝到日本，征召退役軍人赴台協防。日本戰犯根本博等人相繼偷渡來台。他們親歷第二次世界大戰，具有豐富的實戰經驗，擅長海島防禦，幫助蔣介石籌劃布防。
陳誠推行“三七五減租”、“幣制改革”，保證“不允許任何大陸政府接管台灣”。美國駐華使館參贊莫成德受命赴台，幾番交往，發現陳誠不可能與美國合作倒蔣，乃向艾奇遜推薦正在台灣訓練新兵的孫立人。孫立人早年留學美國，具有軍事才能，恃才傲物，與陳誠的黃埔系、蔣經國的政工系矛盾很深，倍受排擠，深懷不滿。他依仗美國撐腰，飛赴東京，與麥克阿瑟商談台灣防務，引起蔣介石的不安。
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