第二階段的第二代疫苗，主要使用DNA和病毒載體疫苗，以激發T細胞免疫反應為主要目標，幾十次I、II期臨床試驗未能進一步發展，兩次以腺病毒5型為載體的IIb期臨床試驗則顯示，該疫苗不僅不能對HIV感染產生有效的免疫保護，還增加了HIV感染的風險。這說明只有T細胞免疫並不能提供有效的免疫保護。
第三階段的第三代疫苗，則使用不同疫苗的聯合免疫策略，以同時激發體液免疫和細胞免疫為目標。首個在泰國完成III期臨床試驗的該類疫苗（RV144疫苗）是以痘病毒載體為初始免疫，gp120疫苗作為加強免疫，試驗結果顯示出31.2%的保護率。儘管保護效果還不盡如人意，但該類疫苗卻是目前開發的HIV疫苗中唯一在人群中證明可產生一定免疫保護效果的疫苗。這為研究人員認識HIV疫苗保護性免疫和疫苗的進一步研發提供了寶貴的經驗，但仍然不足以產生有效的人群保護。
尚未找到HIV感染的“阿喀琉斯之踵”
30多年的HIV疫苗研究，研究人員雖屢戰屢敗，但仍然屢敗屢戰。
對此，邵一鳴表示，既往30多年的HIV疫苗研究一直在坎坷中前行，從體液免疫到細胞免疫再到兩者並重，HIV疫苗研發的各種嘗試不可謂不廣，探索也不可謂不深入。但是由於人類還未成功研製過B類疫苗，還需要首先在科學上探索攻克之。
由於艾滋病沒有適宜的動物模型，只有將基礎研究和臨床試驗結合起來開展探索，才能加快實現HIV疫苗研發。同時，應該總結早期研究因未能認識到HIV感染不能產生足夠的免疫保護、進行了大量簡單的重復工作、對創新型研究的支持不足等方面的經驗教訓。
邵一鳴認為，與過去30年HIV疫苗只開展過2次IIb期和2次III期臨床試驗相比較，當前的研究探索明顯加快，正在同時進行3項III期臨床試驗。
在國家自然科學基金委副主任、中國疾病預防控制中心主任高福院士看來，HIV疫苗的開發瓶頸是多方面的，既有病毒自身的原因，也有思維認識及現有技術手段局限的原因。
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