另一種是主觀價值設定模式。相較於前面提到的價值中立模式，遵循這種模式的智庫不僅對政策議題做技術分析，也進行價值判斷。也就是說，政策分析是在科學分析的基礎上，針對利益相關者開展一些調研，再基於自己主觀的價值天平（偏好）選擇一種價值，為決策者提供政策建議。但該模式也存在問題。雖然智庫針對利益相關者開展調研，但這種對公眾意見的收集並不全面，一般只包括現狀和偏好，而非完整的價值、偏好、邏輯鏈和論證理據。此外，智庫對各方意見的收集和整理都是透過其自己的主觀視角進行的，他們對衝突的各方訴求常常有意無意地會做出主觀的價值判斷，重要的是，這種主觀判斷未必能被利益相關者所接受。
總之，按照傳統的智庫工作模式，公眾的訴求要麼是模糊的、凌亂的，公共參與的輸出難以被決策者有效地吸收；要麼就是被智庫主觀加工過的，不難想象，政策制定者據此做出的決策，難以被政策相對方心悅誠服地接受。
發展“協商式智庫”調解衝突
筆者提出的“協商式智庫”有著不同的政策分析理念、視角和側重點。它將價值（利益）分析作為政策分析的中心內容，強調尊重和承認利益相關者對政策的不同解釋，強調智庫直接面對政策情境中的價值差異和利益分歧，從利益相關者那裡獲取政策分析所需的必要知識，並將利益相關者之間的對話、辯論、協商視為主要分析單元，其分析結果可以為政策制定者尋求政策問題的解決，特別是尋求共識提供支持。
協商式新型智庫的工作模式與傳統智庫存在顯著區別。此類新型智庫在開展政策咨詢時主要包括三個階段。
首先，智庫為利益相關方搭設一個溝通與對話平台，姑且稱之為協商會議。智庫將邀請利益相關方參加人出席協商會議，在項目團隊的支持下開展利益表達、對話、辯論。智庫將精心組織會議，與各方一道建立表達、質證、研討的規則。
其次，各方參加人在協商會議上開展與政策議題相關的聯合研究，解決事實、證據和技術層面的爭議。智庫將邀請相關知識領域的專家，或是立場中立的專家，或是觀點平衡的各方專家，來為利益相關各方提供其協商過程中所需要的專業知識、數據等支持，以將表達和論辯推向深入。
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