1、在積極建構台日結盟大戰略下，綠營在釣魚島問題上沒有明確的主權立場。綠營不敢理直氣壯地講釣魚島的歷史與法律地位，不講“釣魚島是固有中國領土”這一歷史事實，也不願講在法理上“釣魚島是中華民國的領土”，在政治現實面前至多講“釣魚島是台灣的”，“釣魚島是我們的”等這種抽象的政治語言。
民進黨在極力拉攏日本及企圖建立“台日政治安全同盟”的戰略下，在面對或處理釣魚島問題上始終以維持台日關係為重，維護釣魚島主權為次。2009年3月，民進黨主席蔡英文訪日期間，呼籲日本在亞洲經濟發展和安全保障上扮演“積極的領導角色”，幫助台灣因應“中國的阻撓”。針對釣魚島問題，蔡英文表示，“台灣對釣魚島主權的主張”與中國大陸“完全無關”。就在日本政府推動釣魚島“國有化”與在東海問題上展示強硬姿態時刻，2012年5月出任民進黨主席的蘇貞昌卻表示，“台日外交優先，兩岸不應合作”的原則，強調“台灣與日本的核心利益是一致的”。2013年2月，蘇貞昌訪日時，回避釣魚島爭議和安倍參拜靖國神社等重大事件，卻積極倡議建構美、日、台、韓“民主同盟”。最典型的是2015年8月，李登輝公然公開在日本表示“釣魚島是日本領土”（以前也有多次表示）及引起外界強烈批判之時，蔡英文仍是輕描淡寫的講“釣魚島是台灣的”。這是抽象的政治術語，沒有法律支持，更沒有對李登輝的錯誤言論給予批判。
2、綠營支持美日安保條約適用於釣魚島，認為台灣的釣魚島政策主張與作為應符合美日利益。2012年8月，在港澳保釣人士登上釣魚島被日本非法扣留後，馬當局表現了民族大義立場，要求日本儘快放人；民進黨稱“被逮捕的是大陸與香港人士，不關台灣的事，台灣要求放人，會得罪美國和日本”，並稱“美日安保條約是東亞和平的基石，馬當局不斷衝撞美日安保體系，是在製造糾紛、製造困擾”。這就是民進黨對釣魚島的立場，為獲得美日支持，連台灣所屬島嶼釣魚島都可放棄，是典型的“賣台”行為。
3、綠營將馬當局處理釣魚島爭議主張作為“打馬”手段。在釣魚島問題上，民進黨與台聯黨不是藍綠合作一致對外、對日，更不是維護台灣利益，而是進行政治鬥爭，重點在“打馬”。在綠營的政治認知裡，要求馬當局在釣魚島問題上與中國大陸爭主權，而不是與日本爭主權。
4、反對與攻擊馬英九與大陸聯合保釣（其實並非如此），攻擊馬英九對大陸的海洋基線將台灣包括在內不提出異議。在民間呼籲的兩岸聯合保釣問題上，馬當局也是消極、保守的，不贊成兩岸聯合保釣，原因複雜，其中背後一定有美、日的強大壓力，但馬英九在主要問題上還是明確、堅定的，但民進黨則堅決反對甚至盡最大努力防止兩岸聯合保釣。民進黨發言人林俊憲表示，馬英九派“海巡署”的公務船保護五星旗去釣魚島，在國際上造成台灣與中國聯手抗日的錯誤印象。
（三）小結
共同性：⑴將維持台日關係置於處理釣魚島爭議問題之上或者說解決釣魚島爭議必須服從台日關係大局，整體呈現親日觀。⑵均強調和平協商解決爭端。⑶均不主張海峽兩岸聯合保釣。⑷均主張以多邊參與的和平方式解決包括釣魚島在內的東海區域的領土之爭。⑸認同通過國際法與國際法庭解決。
差異性：⑴馬當局或藍營對釣魚島主權立場明確，民進黨則比較模糊抽象，不明確。⑵馬英九在“親美、和中、友日”總體戰略下，在東海與釣魚島問題上，既重視大陸，不存在“聯日抗中”思維與政策；民進黨則有顯著的“聯日抗中”思維。這一點從陳水扁執政到蘇貞昌、蔡英文均有這一思想。⑶馬英九是“主權與漁權”並重，民進黨則是“重漁權輕主權”。⑷綠營支持美日安保條約適用於釣魚島，認為台灣在釣魚島上的政策作為應符合美日利益，馬當局或藍營則持保留態度。
台灣藍、綠兩黨在南海問題上的政策主張之異同
海峽兩岸大致均於上世紀90年代初開始重視南海爭端問題，並提出各自的政策主張與基本原則。海峽兩岸的南海政策主張有諸多一致之處：均強調“主權在我”，強調中國（台灣稱為“中華民國”）擁有南海主權；主張“擱置爭議，共同開發”，“和平利用”，“和平解決”。
目前海峽兩岸及台灣內部南海政策主張存在三個較為明顯的差異：即海峽兩岸對南海主權與海洋權益的政策主張差異，台灣內部藍綠兩大政治陣營對南海政策主張的差異，台灣當局與民間對南海的主張差異。總體上，大陸對南海的主權立場明確而堅定，台灣當局雖明確但不夠堅定；島內藍營立場相對明確，綠營態度則較為曖昧；台灣當局立場軟弱消極，民間立場則相對積極。
（一）馬當局與藍營的南海政策主張及其演變
台灣當局與藍營的南海政策主張有一個發展變化過程。抗戰勝利後，國民政府派遣海軍收復南海諸島，並繪製南海國界地圖，以“十一條斷續線”標注中國南海疆域線，其中有五個南海島嶼就是用五艘軍艦名字命名的。國民黨退居台灣後，在南海主權爭議問題上一直堅持“中華民國”（中國）擁有南海主權，但較少付諸行動，對大部分海域與島嶼沒有真正行使行政管轄權。
上世紀80年代後期，台灣當局面對南海形勢的變化，開始關注南海問題，並有較明確的政策主張，基本上延續了歷史上中國政府對南海的主權主張。進入90年代初，台灣當局開始討論與制訂南海政策。1993年初，經過反復討論，台灣“行政院”公佈《南海政策綱領》。其前言中明確寫到：“南沙群島、西沙群島、中沙群島及東沙群島，無論就歷史、地理、國際法及事實，向為我國固有領土之一部分，其主權屬於我國”，同時明確確認“U型疆線”之內海域為“歷史性水域”。同年5月，台灣“行政院”核定《南海政策綱領實施綱要》。1994年10月，台灣“行政院”修正通過“內政部”擬定的“南海問題討論會結論”，就如何堅定維護南海主權、如何加強南海開發管理、如何積極促進南海合作、如何處理南海爭端與如何維護南海生態環境等問題進行討論。1995年，“美濟礁事件”及南海爭端升高後，台灣方面不斷重申“中華民國”擁有南海主權，但更強調以協商方式共同開發南海資源與保護南海環境。同年6月，台灣“行政院”批准成立“南海突發事件緊急處理小組”，顯示在這一時期台灣當局非常重視南海問題，態度比較明確清晰，並且制訂了一套較為詳細具體的政策。
不過，民進黨上台執政後，台灣當局的南海政策發生了重要變化，在主權伸張上出現倒退現象。
2008年初，國民黨重新上台執政後，面對南海問題的新爭議，馬英九當局能夠明確表明立場，不斷重申“中華民國”對南海的主權與共同開發立場。每遇南海爭端事件尤其是越南、菲律賓等侵犯南海主權問題時，台灣當局就會重申：“南沙群島、西沙群島、中沙群島、東沙群島及其周遭水域，屬中華民國固有領土及水域”，強調“主權在我、擱置爭議、和平互惠、共同開發”的基本原則，主張與周邊國共同開發南海資源。近兩年來，馬當局重新加強太平島的軍力部署與防衛。2011年5月，在菲律賓聲稱對南中國海擁有主權的時候，台軍方就表示向太平島部署導彈艦艇和坦克等重型武器。2012年初南海形勢加劇以來，馬英九在南海問題上的立場更明確，更強硬。2012年4月17日，馬英九在出席“國防部會議”時強調，“絕不承認中國大陸與南海周邊國家簽訂的擱置爭議、共同開發的任何協定和條約，南海及其所屬島嶼均屬於中國領海和領土，中華民國政府和國軍將採取一切必要的措施，捍衛祖國主權”⑥。
2015年5月26日，馬英九提出《南海和平倡議》，總原則依然是“主權在我、擱置爭議、和平互惠、共同開發”。主要內容有五點：⑴自我克制，維持南海區域和平穩定，避免採取任何升高緊張情勢之單邊措施。⑵尊重包括聯合國憲章及聯合國海洋法公約在內這些相關國際法原則與精神，透過對話協商，以和平方式解決爭端，共同維持南海地區海、空域航行及飛越自由安全。⑶將區域內各當事方納入任何有助南海和平繁榮的體制與措施，如協商建立海洋合作機制或訂定行為規範。⑷擱置主權爭議，建立南海區域資源開發合作機制，全面規劃、共同開發南海資源。⑸就南海環境保護、科學研究、打擊海上犯罪、人道援助與災害等非傳統安全議題建立協調及合作機制。這可以作為馬當局與藍營總體的最新南海政策主張。
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