1936年12月，西安事變的和平解決成為扭轉時局的樞紐。作為張學良的朋友和幕僚，閻寶航在西安事變中的作用一直為人們所稱道。九一八事變後，閻寶航多次向張學良陳述抗日救亡、收複東北的願望和要求。他還同東北愛國人士聯名致函張學良，提出停止“剿共”、一致抗日的主張。1936年11月14日，閻寶航在西安同盧廣績、王化一、王卓然等東北愛國人士謁見張學良，進行了6小時長談。張學良明確表示不再參加打內戰，實現聯共抗日。20多天後，西安事變爆發。西安事變和平解決後，張學良被扣。閻寶航不顧個人安危，為張學良獲釋奔走呼號。他4次前往奉化，請求蔣介石恢復張學良的自由。在此前後，閻寶航受周恩來委托到平津地區做了大量穩定東北軍、政、商、學各界人士情緒的工作。閻寶航為西安事變的解決和事變後實現國共合作，作出了重要貢獻。
1937年9月，閻寶航由周恩來和劉瀾波介紹，加入中國共產黨。作為秘密黨員，閻寶航在周恩來直接領導下，以民主人士身份參加各項社會活動，發揮了非凡的社會活動家的才能和智慧，作出了一般人做不到的貢獻。
全國抗戰爆發後，閻寶航活躍在武漢、南京和重慶的政治舞台。在南京，他任宋美齡主辦的新生活運動促進總會的總幹事；在武漢會戰期間，他被國民政府委任為軍事委員會政治部設計委員；後來，他又任重慶市第一委員會設計委員、國民政府中央賑濟委員會顧問、陪都勸募公債運動主任幹事及重慶空襲救濟委員會撫濟組組長。另外，他還在大同銀行、大明公司擔任要職，是中蘇友協等民間團體的理事。閻寶航在這些崗位上，竭盡全力，關心人民疾苦，從事民眾福利工作，積極募捐救助傷兵。1941年日軍飛機瘋狂轟炸重慶期間，為搶救遇難民眾，閻寶航接連幾個晝夜奔波忙碌。
閻寶航堅持抗日救國鬥爭，始終不渝地為收複東北事業盡心盡力。作為東北救亡總會的主要領導人，閻寶航身體力行毛澤東關於“把抗戰進行到底，打到鴨綠江邊”的指示，領導東北救亡總會大力宣傳抗戰到底，號召東北同鄉堅持團結、反對分裂、打回老家去。他從做好上層人士統一戰線工作入手，溝通東北軍與國民黨的關係，接濟東北籍中下層人士，救助大批東北難胞。1939年，閻寶航將在重慶的不同黨派的50餘人召集在一起，共商抗日大計。1942年5月，東北救亡總會被國民黨取締後，閻寶航千方百計在經濟上積極支持總會刊物《反攻》出版發行，直到抗戰勝利。閻寶航根據黨的指示，利用東北救亡總會的合法名義進行募捐。他從基督教教友上海海關總監督丁貴堂處一次就募到1萬元捐款，並按照葉劍英的吩咐，將大部分經費交給中共代表團，緩解了代表團及其領導下的各救亡團體活動經費短絀的困難。
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