據悉，川大在收到此份函件後曾專門召開校務會議討論，認為不妥，遂複函稱：“因‘四川醫科大學’的簡稱與華西醫科大學（2010年9月已並入四川大學）歷史曾用名‘四川醫學院’的簡稱‘川醫’混淆，而‘川醫’是社會對華西的公認品牌，更名後還可能導致社會公眾產生四川大學沒有醫學學科的誤解，故不同意給予更名證明。”
川大的“不同意”並未阻止瀘州醫學院原本的更名計劃，其向四川省政府和教育部報批的新校名仍是“四川醫科大學”。2015年2月26日，教育部官網發布《關於2015年新設置高等學校和經過籌建“去籌”正式設立高等學校的公示》，瀘州醫學院更名“四川醫科大學”也在公示之列，公示期20天。
成都市民黃先生稱，3月初其看到了該公示，覺得不妥，遂向教育部打去電話表示反對。他說：“我不是川大的校友，但四川人都知道‘川醫’是華西的金字招牌，瀘州醫學院這麼改肯定會造成誤導，更何況四川有川北醫學院、成都醫學院、瀘州醫學院三所醫學院，為什麼要讓瀘州來代表四川呢？”而在百度貼吧“華西醫科大學吧”內，也有《堅決反對瀘州醫學院更名為四川醫科大學！》的帖子，號召校友致電教育部表達反對意見。
教育部稱，公示期間從未收到任何單位和個人反映不同意見。對此，川大一位負責人表示，當時正值寒假期間，校方未注意到相關公示。“我們更想知道的是，川大此前的反對為何失效？”
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