當選院士首先必須是科學家
同未遭遇質疑的，還有在美國工程院當選為院士的企業家，如大名鼎鼎的美國微軟公司的董事長比爾.蓋茨、美國蘋果公司聯合創辦人、前行政總裁喬布斯。
甚至沒有等到大學畢業，比爾.蓋茨便投身到自己的創業夢想中；而相對於比爾.蓋茨二年的大學生活來說，喬布斯可以用“更相形見絀”來形容，因為喬布斯在入讀俄勒岡州波特蘭的裡德學院六個月後，便已選擇退學。
不過，這絲毫不影響比爾。蓋茨和喬布斯在業界的地位，就在其先後當選為美國工程院院士後，美國公民並未質疑其作為企業家卻當選院士。其在科學界的影響力，眾所矚目。
但自2003年以來，在中國工程院院士產生之後，社會上開始有人質疑，認為工程院要給公眾一個交代，解釋一下新院士究竟是靠什麼樣的學術成就當選的。
一些知名學者也認為：院士選舉的透明度不夠。如2003年新增院士在學術上的成就沒有說明，時任中國航天科技集團公司總經理王禮恒和時任中國長江三峽工程開發總公司總經理陸佑楣，雙雙增選成為工程管理學部新院士。更容易讓人產生疑問，他們的當選，是不是由他們所負責的工程的重要程度決定的，而不是候選人的學術水平？
對此，中國工程院原副院長沈國舫持有不同意見。沈國舫說：“工程技術背景和工作業績，是當選工程院院士最重要的兩項指標。像陸佑楣，他就通過了土木、水利與建築工程學部、和工程管理學部的雙重認可”。
中國工程院原院長徐匡迪則認為，“我們是選舉工程管理院士，不是選舉管理工程院士。所謂工程管理院士，必須是在組織實施重大工程科學技術的研究開發和產業化、或科技含量高的重大工程建設項目上、以及工程管理的理論創新上，取得重大成就，做出重大貢獻的人。其它諸如一般企業管理、行政管理、教育管理等都不屬於工程管理的範圍。”
面對質疑，中國工程院副院長、院士增選政策委員會主任旭日幹表示，“中國工程院院士增選嚴格遵循我院的‘章程’和‘辦法’。工程管理領域院士的增選，第一步看學術背景，第二步看管理業績和整體水平。當選中國工程院院士首先必須是科學家。”
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