陳水扁剛上台不久曾一度想承認“九二共識”，但在黨內“台獨”勢力的施壓下緊急剎車，後按捺不住他的台獨野心，拋出“一邊一國論”，謀求儘快公投立法；第二任期更大搞“去中國化”運動，令兩岸關係始終在低谷徘徊。
2003年10月，陳水扁在與獨派大佬商定之後，拋出“公投制憲”的時間表，公開宣稱“台灣人民要建立台灣成為正常、完整和偉大的國家，需要一部合身、合用的新憲法，透過公投方式，2006年共同催生新憲法，2008年正式公佈實施”。2005年元旦，陳水扁甚至表示“憲政改造”——“這一條正確的道路，我們將繼續勇敢地走下去，直到台灣人民擁有一個正常、完整、進步、美麗而偉大的國家為止”。
2007年9月,在陳水扁的強勢主導下,民進黨代表大會通過了“正常國家決議文”。該決議文維持了陳水扁當局一貫的兩岸“一邊一國”的論調,繼續鼓吹“正名制憲”和“入聯公投”,是一紙不折不扣的邁向“法理台獨”的告白書。
第五階段是蔡英文擔任民進黨主席時期（2008年至2012年2月）。
2008年5月蔡英文就任民進黨主席以後，民進黨的大陸政策有一些新特點，主要表現為：
（一）企圖用“台灣共識”來代替“九二共識”。
蔡英文一直拒絕接受“九二共識”，甚至否認“九二共識”的存在。2010年5月，蔡英文在出任民進黨主席以後的首度對其大陸政策進行公開表態時就表示，不排除在不預設政治前提的情況下，與大陸進行直接並實質的對話。但“不設政治前提”實際上就是企圖否定或繞開“九二共識”。2010年12月，蔡英文對媒體說：“九二共識”不存在，“要我和民進黨去承認沒有存在的東西，很困難”。
為了與“九二共識”相抗衡或取代“九二共識”，蔡英文拋出“台灣共識”。“台灣共識”的概念最早是由蘇貞昌提出的。2011年2月，民進黨內初選時與蔡英文競爭“總統”候選人提名的熱門人選蘇貞昌說，面對2012，民進黨一定要有兩岸論述。他首度提出“台灣共識”，主張以民進黨《台灣前途決議文》為主要精神，堅持主權立場，同時要守住“生存是王道、民主是基石”兩大原則。當時，後來出任蔡英文競選總指揮的謝長廷曾對“台灣共識”進行激烈批評。
但5個月後，2011年8月，在民進黨十年政綱中的兩岸政策出爐時，蔡英文又將“台灣共識”揀了回來。蔡英文說，2012年她當選總統後，會通過透明政治作為與民主程序，彙集朝野與社會意見來凝聚最大程度的共識，而最後形成的“台灣共識”，將成為兩岸建立和平、穩定的互動關係時，最關鍵性的條件。
2011年11月，在台灣大選首場“總統”候選人公辦電視政見會上，蔡英文重提“台灣共識”，堅持國家主權不能退讓、中國必須放棄對台動武、兩岸穩定需循序漸進及多元尊重包容4項條件，在此原則下，不管“終極統一”、“一種各表”都可以納入討論。
（二）轉回到《台灣前途決議文》立場，但未放棄“台獨”立場。
2000年民進黨執政時，陳水扁提出的「不宣佈獨立、不更改國號、不推動兩國論入憲、不推動改變現狀的統獨公投，也沒有廢除國統綱領與國統會的問題”的“四不一沒有”，就是根據“台灣前途決議文”精神的兩岸政策論述。
但是，到了2007年陳水扁執政末期，他因為貪腐行為其政權搖搖欲墜。為了轉移公眾視線，陳水扁放棄了《台灣前途決議文》精神，違背承諾，拋出“台灣要獨立、台灣要正名、台灣要新憲、台灣要發展”的訴求；接著又推動以“台灣”為名義加入聯合國的公投案，引發兩岸關係高度緊張，美國也極其不滿。
蔡英文為了在大選中爭取選票，從陳水扁的“法理台獨”路線重新轉回《台灣前途決議文》精神，使《台灣前途決議文》再次成為民進黨總統候選人蔡英文詮釋兩岸政策的底蘊。
2011年8月，在推出民進黨十年政綱中的兩岸政策時，蔡英文表示，民進黨的立場在《台灣前途決議文》已有清楚主張，而目前台灣內部最大共識就是維持現狀，儘管不同政黨對“現狀”有不同解讀，“但這就是民主機制最珍貴的價值所在”。她在堅持民進黨《台灣前途決議文》精神的前提下，強調不可能對“九二共識”有任何退讓。
同年11月，在台灣大選首場“總統”候選人公辦電視政見會上，蔡英文宣稱：“台灣就是中華民國、中華民國就是台灣，我所說的台灣就是台澎金馬”。她批評馬英九眼中的中華民國所及區域“和中國一樣”。這把蔡英文心中的“兩國論”表述得清清楚楚。
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