在處理兩岸政治問題方面，孫亞夫特別提出增進維護一個中國框架共同認知的重要性和必要性。孫亞夫指出，“五年來兩岸關係之所以大局穩定、發展持續，關鍵在於兩岸雙方形成了反對‘台獨’，堅持‘九二共識’的共同立場。增進維護一個中國框架的共同認知十分重要和必要。”而台灣當局一方面強調要在“中華民國憲法”架構下，維持“不統、不獨、不武”的台海現狀，一方面也認為兩岸不是“兩個中國”，兩岸關係不是國與國關係。最近馬英九還公開宣示，對內對外都不會推動“兩個中國”、“一中一台”或“台灣獨立”。這就使兩岸雙方在一個中國原則上有了共同基點。有了這個基點，雙方就可以求一個中國之同、存對一個中國政治涵義認知之異，在求同存異基礎上進一步加強對話與溝通，增進互信與認同。可以說，兩岸在“一中”的認同方面還是具備基礎的，關鍵是未來兩岸如何在既有認同基礎上，尋求政治問題的進展和突破。
推進兩岸政治問題的協商解決，一方面固然取決於兩岸執政當局的立場與政策，另一方面更取決於兩岸廣大人民的意志與訴求。兩岸因政治對立導致的長期隔絕狀態，使兩岸的民意有著巨大的差異，雖然近五年來兩岸關係發展很快，但兩岸民意的溝通與認同仍不夠全面，不夠深入。而兩岸民意不能夠全面、深入的溝通與拉近，則兩岸在政治互信等重大議題上就缺乏強大的民意基礎作為支撐。因此，增進兩岸的民意認同是推進兩岸政治對話協商的重要基礎。
關於兩岸認同問題，孫亞夫提出“我們將繼續真心誠意理解、信賴、關心台灣同胞，滿腔熱情為台灣同胞辦好事、辦實事，千方百計為台灣同胞排憂解難，切實保護台灣同胞權益。我們相信在兩岸關係和平發展進程中，台灣同胞將不斷增進對中華民族共同家園的認同，對整個中華民族的認同，形成自覺的兩岸同胞一家人意識，形成兩岸同胞命運共同體意識，進而增強對大陸和台灣同屬一個中國的認同，再進而增強對兩岸和平統一的認同。”
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