尤其值得注意的是，早在明代，釣魚島就已被作為中國領土列入中國的海上防區。當時，倭寇十分猖獗，經常夥同中國當地海盜騷擾中國浙江、福建沿海一帶。1561年，明朝抗倭名將胡宗憲與鄭若曾編纂的《籌海圖編》一書中的“沿海山沙圖”、1621年茅元儀繪制出版的中國海防圖《武備志.海防二.福建沿海山沙圖》等，都將“釣魚嶼”、“黃尾山”和“赤嶼”納入其中，視為抵禦倭寇騷擾浙閩的海上前沿。
二、古代琉球王國和日本的文獻記載
琉球王府權威史書——琉球宰相向象賢監修的《琉球國中山世鑒》（1650年），轉引陳侃“見古米山，乃屬琉球者”之說，認定赤尾嶼及其以西島嶼非琉球領土。1708年，琉球大學者程順則在《指南廣義》一書中也稱，姑米山（久米島）為“琉球西南方界上鎮山”。而琉球學者1950年出版的《南島風土記》一書指出，程順則所著《指南廣義》中的附圖，是根據1392年明朝選派福建36姓赴琉移民時的航海圖繪制的。（[日]東恩那納寬惇：《南島風土記》，沖繩文化協會，沖繩，昭和25年（1950年）3月版，第455頁。）這證明，中國册封使船發現和利用釣魚島早於琉球人。至遲在18世紀初，中、琉兩國便認定雙方海上邊界在久米島和赤尾嶼之間。
日本最早有釣魚島記載的書面材料當屬1785年林子平所著《三國通覽圖說》的附圖“琉球三省並三十六島之圖”，其中釣魚台等島嶼的著色與中國大陸相同，並未包括在琉球範圍內。1876年日本陸軍參謀局繪制的《大日本全圖》、1873年大槻文彥出版的《琉球新志》一書所附《琉球諸島全圖》等，均不含釣魚島及其附屬島嶼（轉引自鄭海麟：《釣魚台列嶼之歷史與法理研究》，明報出版社有限公司，香港，1997年版，第126—128頁）。
日本官方關於沖繩地理最早的權威著作是1877年出版的《沖繩志》。該書作者系1875年受明治政府委派到琉球推行“廢藩立縣”的官員伊地知貞馨。他在沖繩全島名稱和附圖中均未提到釣魚島或“尖閣諸島”（[日]伊地知貞馨：《沖繩志》，1877年，美國哈佛大學燕京圖書館日文部藏書）。
即便在1879年日本吞並琉球並將其稱為“沖繩縣”後，也沒有改變上述界限。直到1895年之前，沖繩只有36島，其中根本不包括釣魚島及其附屬島嶼。
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