國民黨雖然贏了若干縣市，但是結果並不理想。新竹縣雖然贏了，但贏得很辛苦，甚而在選前還有檢察單位搜查張碧琴競選總部的事，贏的也不是很漂亮。在桃園縣，2005年的選舉，國民黨贏了約18萬票，但是這一次只贏了4萬票左右，差距很大。在台東、澎湖、金門，都只是險勝而已。
所以，從整個選舉的過程和選舉的結果來看，國民黨小輸，但對馬英九個人來說是一個大敗的局面；國民黨雖然贏得12個席次，但得票率和得票數都大幅下降，甚至很多傳統的鐵票區都都已經鬆動，沒有出來投票，表明原有支持者對整個領導階層、對馬英九是不滿的。
這次縣市長選舉，還有四個意涵：
第一，馬英九與蔡英文第一次以黨主席的身份在選舉中較勁，結果，蔡英文鞏固和提升了在黨內的地位，馬英九在黨內的威信則受到影響。
第二，民進黨在連續幾次挫敗之後止跌回升，特別處在陳水扁官司的風暴、社會觀感仍然不好、沒有兩岸論述的情況下，竟然還能夠止跌回升，是馬英九的嚴重挫敗。
第三，這次選舉結果，使得民進黨又重新燃起了對2012年選舉翻盤的信心，而對於明年五大都會區的選舉，民進黨更是充滿了自信。
第四，這次選舉還有一個重要影響，就是在未來新北市長候選人人選上，國民黨未來在提名人選的時候，可能不是像這次縣市長選舉，靠馬英九的堅持就可以說了算數。桃園縣這次選舉結果給了國民黨一個很大的警訊，如果沒有適當的候選人，明年輸掉新北市不是沒有可能。
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