基本藥物實行招標採購，不可能是所有生產同一類藥品的都會中標，會對一些企業帶來影響，造成企業的兼併重組，另外，他說，隨著基本藥物的實施，基本藥物實行集中採購、統一配送、減少中間環節，招標採購價格中包含配送費用，這對過去藥品的重復批發造成價格上漲，使老百姓的用藥負擔加重的現象，有望從根本上加以解決。
中投顧問研究總監張硯霖則認為，新醫改注重基層，而現在發佈的基本藥物目錄也更看重鄉鎮衛生院和社區衛生機構，這樣一方面可以讓老百姓享受更多的優惠，也可以從另一個方面看出由於範圍小，所以短期內對整個醫藥行業影響不會太大。
中投顧問發佈的一份報告中也指出，此次基本藥物目錄的發佈，對我國大型醫院、三甲醫院的影響肯定沒有農村或者社區衛生院的影響大，因為縣級以上大醫院才是用藥的主體，因此對醫藥生產企業今年的業績不會造成太大影響。
配套文件目錄
按照工作要求，衛生部將會同有關部委陸續制定發佈《國家基本藥物採購配送的若干意見（暫行）》、《醫療機構使用基本藥物管理辦法（暫行）》、《國家基本藥物品質監督管理辦法》、《國家基本藥物臨床應用指南》、《國家基本藥物處方集》等配套文件，配合有關部委制定並公佈國家基本藥物零售指導價格、完成基本醫療保障藥品目錄調整工作。
聲音：大醫院落實需有“法”可依
基本藥物制度有望明顯降低患者的醫藥費用負擔，協和醫院急診科主任于學忠對此表示，藥價降低不僅僅是因為政府實行統一招標採購，令基本藥物價格下降，更重要的是基本藥物制度能夠規範醫生的用藥行為，不再開大處方或用不必要的高價藥。
診療聯網方便督察
于學忠認為，如何在大醫院的臨床醫療行為中落實，僅有技術層面的用藥指南和處方集還不夠，因為在綜合醫院，病人的病情千差萬別，醫生可以以各種診斷理由用不同的藥。因此，需要有行政法規的強制性措施，要求醫生針對患者病情的需要，首先選用基本藥物目錄中的藥品。
在北京，每位醫生開具的處方以及病人的病情診斷，完全可以實現資訊化記錄保存，隨時可以接受督察，如果發現頻繁不合理使用非基本藥物的醫生，其執業信譽甚至執業資格應該受到質疑和相應的扣罰。
結合實際擴充目錄
于學忠建議，在基本藥物進行政府集中招標採購後，同時應該規定，醫院不得再採購與基本藥物同品種同劑型的其他藥物。
他還表示，另一方面，目前公佈的國家基本藥物對於北京特別是大醫院而言，還遠遠不能滿足需求，所以希望基本藥物制度應該結合地方實際，在北京的綜合醫院能有所擴充，但擴充後的藥品品種，也應該走基本藥物的產供銷模式，遵循基本藥物的使用規範。 |
