三、對《兩岸和平發展基礎協定》條文的說明
（一）確定兩岸同屬“整個中國”
《基礎協定》前言部分屬於事實與願望的陳述。“認知到整個中國自1949年起處於分治之狀態，但仍同為中華民族一分子之事實”一語，表示兩岸“正視政治分治現實”，但是也同意彼此均為中華民族的一分子，也就是說，兩岸目前的分治只是“治權”的分治，從民族角度來看，彼此還是一家人。
由於同一民族仍然可以分為不同的國家，例如德國與奧地利即同屬德意志民族，因此，前言部分特別將“意識到兩岸同屬整個中國”做為簽署和平發展基礎協定的第一個先決條件。除了在“前言”部分寫上“意識到兩岸同屬整個中國”文字外，更在本文第一條陳述“兩岸同屬‘整個中國’”，表達出彼此的相互承諾。
如果“整個中國”只是一個民族的概念，那麼一九四九年以後的中國土地上就會被理解為存在這兩個“中國人國家”，彼此雖然同為中華民族，但是在政治與法律意義上已經是兩個不同的“國家”，因此“兩岸同屬整個中國”不僅是民族的描述，也是政治與法律的界定，如果從傳統中國的歷史看，“整個中國”有點像周朝春秋戰國時期的“周天子”，兩岸則類似“齊楚秦燕”等國的關係，彼此仍同奉周的正朔，周天子代表的是天下的概念，其他諸侯國之間則是隸屬於周的兄弟之邦。兩岸目前的分治，並不表示“整個中國”就不存在，因此“一族兩國”（one nation,two states）並不是正確的兩岸定位。“中國”做為一個政治與法律的概念仍然是存在的，“中國”不僅是一個歷史、地理、文化上的概念，更是一個政治與法律的概念。我們可以將“整個中國”看成一個屋頂或是兩岸相加之合，“整個中國”的權力目前暫時由兩岸政府分別行使。
為何需要在《基礎協定》中強調“整個中國”的原則？由於目前的兩岸憲法均為“一中憲法”，從邏輯上來說，只要雙方不修改憲法有關“一中”的部分，就合乎“兩岸同屬整個中國”原則。但是由於台灣在最近一次，2005年的修憲中，將未來修改憲法的程式，修改為必須經過“全民公投”的程式，依照憲法的精神，如果未來修憲是要經過二千三百萬人通過，在本質上，修改後憲法形成基礎與當時以全中國為基礎已經不同，可以解釋成為“制憲”，而非“修憲”。因此，《基礎協定》的簽署可以避免台灣方面未來在修憲時可能引發“制憲”的法理爭議，對中國大陸而言，《基礎協定》的簽署等於台北方面願意以文字協定方式做出承諾，而不是單方面的以“憲法”做為依據。
透過《兩岸和平發展基礎協定》中“兩岸同屬整個中國”的相互承諾，以書面文字確定兩岸不同於一般的“外國關係”，而是“整個中國”的“內部（inter-se）關係”。
“整個中國”（whole China）的本意即是“一個中國”（one China），但是“一個中國”的用法容易產生文字上的模糊，更容易引發兩岸“誰是這一個？”的爭議。兩岸自1949年開始“一個中國代表權”之爭，但是事實上，所謂的“中國”應該是指“中華人民共和國”與“中華民國”的總合，主權屬於兩岸全體人民。兩岸均應放棄“一個中國就是中華民國”或“一個中國就是中華人民共和國”的“排它性”論述，接受“大陸與台灣同屬中國”的看法。因此，就文字的周延性與客觀性而言，以“整個中國”取代“一個中國”，既不失其原義，又能完整地表達出其應有的意義，“整個中國”也意指兩岸在互動中，必須將“中國做為一個整體”（China as awhole）做為原則來思考。
確定“兩岸同屬整個中國”為首要原則，也是回應胡錦濤先生與中共長期主張兩岸關係和平發展框架必須建立“在一個中國原則的基礎上”的要求。
（二）相互保證不分裂整個中國
《基礎協定》本文第一條“兩岸同屬整個中國，彼此均無意從整個中國分離，並承諾不分裂整個中國、共同維護整個中國之領土主權與完整”。第一條是雙方對於基本立場的表述，是兩岸和平發展協定的政治基礎。一方面表達出雙方“無意”分離，另一方面，透過協定的簽署，雙方承諾“不分裂整個中國”，即不從事分離整個中國的行為。再進一步，兩岸願意共同做出積極的承諾“維護整個中國領土主權完整”，這表示在釣魚台、南海等國際爭議性的領土上，雙方有責任共同努力，以維護整個中國的領土與主權。
“兩岸同屬整個中國”的意涵為“整個中國的主權屬於兩岸全體人民”，因此，未來北京或台北與第三方簽署有關涉及領土的主權事務時，必須得到北京與台北雙方面的同意。舉例來說，未來北京與他國簽署有關疆界的條約時，台北方面亦有權參與，反之亦然，原因很簡單，兩岸的邊界均是兩岸中國人的邊界，不是兩岸自己可以說了就算。
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