1999年8月，在中科院軟件研究所副所長孫玉芳等支持下，軟件所成功研發了基於自由軟件Linux的自主操作系統——紅旗Linux1.0版。
芯片這一塊，倪光南將希望寄托在了方舟科技這家公司身上。方舟科技有一支做CPU的完整技術隊伍。在倪光南奔走下，方舟科技得到了政府部門的大力支持，投資名單裡包括當時科技部863重大專項、信息產業部產業扶持基金等國家力量。2001年4月，中國人自己設計的第一塊“方舟1號”CPU成功啓動。此後，方舟科技又以這塊CPU為基礎，做出了瘦客戶機NC的產品原型。
2001年12月，在北京市政府采購中，紅旗Linux操作系統中標，永中、金山等國產軟件也都進入采購名單。2002年，一些電腦廠家開始在產品上預裝紅旗Linux系統。那一年，時任中科紅旗總裁的劉博表示，相比上一年，國內Linux系統的使用量已經增加了三四倍，達到了100萬套。
華為鴻蒙發布當天，倪光南告訴新京報記者，在操作系統方面，不一定是我們技術比人家差，而是在生態系統的建設上更加難一些。因為發達國家先入為主，已經在市場中建立了一個完備的生態系統，新的生態系統必須通過市場的良性循環才能建立起來，這很不容易。
倪光南總結出上述經驗的背後，是國產系統遇到的挫折。紅旗Linux和方舟良好的勢頭背後隱藏著一個“要命的問題”：永中Office、金山WPS等國產辦公軟件均基於Linux開發，它們與微軟Office存在著兼容性問題。而紅旗linux又是個小衆系統，由此帶來的各種軟件體驗問題不容忽視。
2007年，微軟向國際標准化組織提交了自己的Office標准OOXML，并成為國際文檔格式標准，Windows操作系統和Office軟件在PC上進一步鞏固了其壓倒性的優勢。2011年，永中科技破產，而紅旗Linux雖然至今仍在更新，但所有權早已易手。
中國工程院院士沈昌祥認為，國產操作系統的嘗試大多失敗，主要原因在於投入不够、沒有把握好需求以及硬件（芯片）支撑的不足。 |
