在以化解南海領土爭端、探討合作途徑為主旨的國際間非官方論壇上，兩岸都是積極而重要的參與者。兩岸同時參與了“南海會議”，“南海會議”上達成的共識應該也反映了兩岸共同的判斷，即合作區域以整個南海為範疇，各方代表同意避開主權爭議而共同開發。台灣因不具有“主權國家”的地位被排除在《南海各方行為宣言》之外，但通過和平理性的協商，防止區域內武力衝突等宣言宗旨也是符合台灣利益的，其領導人也曾發表過講話，接受《南海各方行為宣言》，希望參與正在研擬中的《南海行為準則》。
兩岸在南海問題上的合作開發模式
當海峽兩岸重新回到一個中國框架內之時，它們原本分別面對南海爭端的情形現在有了轉變的契機。然而，南海問題高度複雜，不同性質、不同層次的問題交織其中，兩岸合作應該具有層次性，應該區別不同性質的問題。尤其是海峽兩岸對中國主權的基本立場不同，國際法律地位不同，談兩岸在南海問題的合作更應該考慮兩岸的地位和相互關係狀況。兩岸在南海問題上的合作有兩層涵義：一是共同維護中國主權；二是南海資源的合作開發。
中國（大陸與台灣）與周邊國家之間的南海爭端，主要涉及領土主權歸屬和經濟權益合理劃分兩個層次的問題，兩岸之間的合作模式應該基於這種層次性而謹慎設計。一方面，在領土主權層次上，兩岸內部在互不否認對方和承認分治現狀的前提下，保留關於主權代表者的分歧，但必須堅持“一個中國”的基本原則，以保障南海主權在歸屬問題上的對外一致性，即對外堅持南海主權歸屬中國。至於主權的行使由兩岸之間的哪一方主持，那是兩岸之間的事務，與他國無涉。在這，必須注意的是，台海兩岸的國際法律地位已從法理和事實上表明，唯有中華人民共和國政府才有資格代表中國維護中國的領土權益，在兩岸沒有達成相關協議之前，台灣當局的對於全中國主權的任何主張都是中國政府不能支持的，也不能被已經同中國建交的相關國家接受。因此，台灣作為中國的一個特殊地區不能代表中國發揮國際法的作用，即便它希望維護國家主權，堅持南海歷史性權益，它單方面（以“中華民國”名義）對南海地區的主權主張都難以得到國際社會的承認。
另一方面，在海洋權益合理分配的層次上，可考慮兩步合作模式：第一步，確定原則。根據區域地理的只線，在中國主權範圍內的中國大陸與台灣地區，根據有關國際公約規定，堅決維護“南海諸島嶼及其12海浬領海範圍”內的海洋權益，不存在與他國分享的問題；對於“U形線內的歷史性水域”，兩岸作為一方，按照歷史證據的輕重，享有有關海洋權益的優先權，在與他國存在爭端的地區，“擱置爭議”，尋求“共同開發”。而對於“U形線”之外的其他南海區域，根據《聯合國海洋法公約》，兩岸和其他爭議國完全平等地參與海洋權益的分配，共同開發。（7）第二步，具體合作。兩岸基於共同利益，優先對漁業資源進行共同管理，進而對非生物資源進行合作開發。南海資源主要有兩大類，一是作為生物資源的漁業資源，一是作為非生物資源的石油、天燃氣資源。前者較易在兩岸與南海周邊國家之間進行合作，漁業資源具有洄游性和再生性，如果某一方過度利用則資源就有可能枯竭，這點共識較易獲得，因此對生物資源進行合作性質的養護和管理具有可行性和迫切性。而後者具有獨佔性和不可再生性，勘探和開發行為具有敏感性和衝突性，在缺乏互信和諒解的情況下，合作極不易實現。（8）兩岸首先應該在相互之間建立互信與共識，才談得上對這種非生物資源的合作開發。
這種分層次、分步驟的合作模式要獲得成功，必須建立兩岸間的共識，這包括，（一）要建立共同維權意識。維護中國在南海地區的主權，需要兩岸共同努力，有默契，有配合，以一種聲音說話。不過，鑒於台灣特殊的國際地位，它在這方面的作用相當有限，在維護國家主權層次上的兩岸合作應以中國大陸為主導。（二）要建立共同利益思想。台灣要正視中國大陸在開發合作中的主導地位，大陸則應該充分考慮台灣在這一地區的經濟利益和資源分享權，必要時，大陸方面應有所相讓；畢竟台灣和大陸一樣急需南海的漁業資源和南海的石油、天然氣資源。
在兩岸南海合作問題上，國內有學者建議，在兩岸關係步入和平發展的軌道以來，海峽兩岸應該將南海問題列入兩岸協商議程，共同成立“南海事務協調小組”，共同維護中華民族利益、維護中國的主權和領海完整，對兩岸關係自身的發展而言，還可以化解敵意，為兩岸軍事安全互信機制的建立創造條件。（9）考慮到當前時期兩岸關係和南海問題的不同形勢，類似建議對於兩者健康正向的發展都是有意義的。
複雜性的考量
南海問題與兩岸關係問題是兩個非常複雜和敏感的戰略性問題，將兩個存在著重大對抗性關係的問題聯繫在一起處理，是否是一個明智的做法，這需要進行風險評估。無疑，這兩個問題都是中國政府需要慎重處理的，對於中國的和平發展都具有重要意義。在兩岸關係對抗時期，南海問題與兩岸關係問題分開處理可以分解壓力、避免不良的情形更加惡化。而在兩岸關係緩和好轉的時期，從戰略效度而言，可以同時推動兩個問題朝好的方面、積極的方面發展。畢竟，南海問題和兩岸關係事實上已經不可避免地聯繫在了一起，我們在戰略思維上難以把它們完全隔離開。
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