台灣則對東沙、中沙兩群島行使著管轄權，同時，自上個世紀五十年代以來一直在南沙群島的最大島嶼太平島上駐紮軍隊防守。太平島在行政設置上隸屬高雄市旗津區中興里，是南沙群島中唯一有淡水資源的重要島嶼。台灣當局除了派駐軍隊之外，還多次以太平島為目標進行過主權宣示活動，比如派出巡邏艇遠征太平島，實施年度性南海巡航任務，在太平島上修建機場，重要政治人物登陸太平島等。
南海諸島及海域主權歸屬中國，行政管轄權由中國海南省或台灣地區高雄市具體控制。但是，這一地區畢竟在地理上與祖國大陸的距離相對遙遠，在實施有效管轄方面確有一定難度，這就給了周邊國家覬覦中國權益的機會。其實最早在1948年，菲律賓人克洛瑪聲稱發現了“既無所屬又無居民”的“無主自由土”，即“卡拉揚群島”（包括了南海群島中重要島嶼如南威島、太平島嶼、中業島等），就是因為當時的中國政府無力進行實際的管轄所導致的。1988年之前，中國的版圖雖然南達南海的曾母暗沙，但實際上沒有佔據南海群島的任何一個島嶼或島礁，中越南沙海戰之後才收復了被侵佔的永署、赤瓜等6個島礁，填補了中國對南沙群島實際控制的空白。可見，只有主權主張而缺乏實際管轄的國家主權是易受攻擊的，象徵性的主權宣示和事後的外交抗議遠遠不夠，必須有足夠強的國家實力，保障在該地區的軍事與政治存在。
因此，台海兩岸在南海特定島嶼與海域的軍事存在和行政管轄，既是國家主權的重要象徵，也是國家利益的有效保障。這種實際的主權行使，不僅是維護中國主權的基礎，也是兩岸合作的基礎。假設台灣並沒有管轄著南海諸島中的任何地區，所謂的兩岸合作就無從談起，因為缺乏應有的物質條件。
3、共同維護中國主權的合作經歷
兩岸在共同維護南海權益方面有過多次默契與合作，這為兩岸未來的合作提供了很好的歷史條件。
1988年，在中國收復被越南佔領的南沙島嶼的激戰中，中國南海艦隊編隊到達南沙群島海域。在編隊行至太平島附近海面時，拉響了汽笛，向駐守太平島的台灣海軍官兵致意。經國民黨駐太平島守軍的默許，編隊所有艦艇在島上停住一個星期，補充了淡水和主副食品，並借此瞭解越軍在各礁盤上的活動情況，尋找登礁和應敵的突破口。
實際上，不管是台灣方面對東沙、中沙兩群島和南沙的太平島行使主權（以“中華民國”的名義），還是中國政府對西沙群島行使主權，雙方都沒有就對方的行為表示抗議，對於其他南海周邊國家在南沙群島搶奪島礁和提出所謂
“主權要求”的行徑，雙方也共同地嚴加譴責和抗議。（3）這本質上就是對一個中國原則的共識。
在印尼邀請中國大陸參加南海會議期間，中國就對台灣希望介入南海事務的問題清楚表明了態度，即基於南海會議為民間性質的安全對話機制這一現狀，在台灣屬於中國的組成部分這一諒解下，同意台灣參與會議。最後，在中國的同意下，台灣得以參與非官方的“南海會議”和“南海技術工作小組會議”。
4、南海政策與立場的相似性。
在目前兩岸分治的情況下，雙方在由誰代表中國行使南海主權這一問題上一直沒有共識。但是，在一個中國原則之下，雙方在南海問題上的具體立場和主張都很接近，這是雙方進行合作的重要政策基礎。
陳水扁時期，台灣當局強調南海資源的保護，目的希望以一個獨立的“主權國家”身份參與南海對話與合作，因此，對中國的南海主權並不強調，少有以“中華民國政府”名義申張主權。國民黨重新執政後，調整了對南海事務的立場，不斷重申“中華民國”對南海的主權與共同開發立場，這是一個積極的信息。兩岸在政策上的相似性表現在，都聲明自己代表中國來主張對南海的主權，認為“南海歷史性水域只線內的海域為中國管轄的海域，中國擁有一切權益。”對於出現的主權和其他爭端，都主張以和平方式解決。東盟國家由此認為它們所面對的是“一種對立的立場”，而不是兩種立場，都傾向於將二者定位為一國兩方。
在南海問題上，海峽兩岸都表示在維護中國主權原則下，可以與相關國家合作開發這一海域。中國政府處理南海問題的基本依據是鄧小平的“主權在我，擱置爭議，共同開發”的思想，1990年中國正式提出了“擱置爭議，共同開發”的主張，反對將主權問題列入各種官方磋商機制或非官方論壇。而台灣“外交部”也在1992年5月正式表示要“以國際共同開發方式，充分運用南海資源，至於主權問題，則可避而不談”。（4）1994年台灣《南海政策綱領》中的立場是，主張中國在南海歷史性水域內擁有主權，堅持主權的前提下支持以合作、和平方式解決南海爭端，這與大陸的基本原則是一致的。在這之後，台灣地區領導人也多次表示台灣將以共同開發資源的方式，設法消除南海潛在衝突因素，（5）提出撇開主權問題，以合作方式，由各相關國家共同出資組成一個公司形態的組織，共同發展。（6）
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