但是，隨著東亞地區力量對比的變化，特別是中國軍隊遠程打擊能力的不斷增強，以及所謂朝鮮“彈道導彈威脅”的加劇，美國需要在日本建立冗餘度更強、動員潛力更大的基地體系。這一方面可以防止在戰時因一兩處基地受損而造成某一戰役方向的艦艇失去保障；另一方面可以在大規模戰爭時為在東北亞大陸的活動(例如針對朝鮮半島的陸地戰)提供後勤補給和運輸基地。
例如，日本與朝鮮隔日本海相望，日本一直擔心朝鮮通過日本海使用彈道導彈等方式攻擊日本；但是，日本在本州島的日本海一側僅有舞鶴一處海軍基地。佐世保基地的艦艇要進入日本海，需通過對馬海峽；而大凑基地的艦艇要進入日本海則需通過津輕海峽。這兩處海峽極易遭到水雷或潛艇的封鎖。很明顯，在這一重要方向上，美軍和自衛隊均缺乏後備基地。此次曝光的六處港口中，有秋田和新舄兩處是日本海沿岸港口。秋田、新舄和舞鶴三個港口連在一起，就可形成戰時在日本海沿岸的基地體系，有利於美軍和自衛隊在日本海及朝鮮半島東岸的活動。
動員港選擇針對東亞大陸
除上述新舄和舞鶴港外，美軍選擇另外四個港口也各有用意，不僅具有明確的針對性，也可與附近軍用港口形成互相依托的體系。
下關、博多和長崎三港，均位於對馬海峽及其附近。戰時，三港可與佐世保港形成控制對馬海峽的基地群。從這裡既可以前出東海、黃海，也可以通過對馬海峽進入日本海，所駐部隊用途較為靈活。同時，下關和博多兩港距離韓國釜山港僅有約200公里距離。如果朝鮮半島南北方發生衝突，這裡還將是由日本向韓國海運物資及部隊的重要樞紐。
但是，上述三港距離中國和朝鮮距離較近，距離中國舟山約800公里－920公里；距離朝鮮直線距離不足700公里，海上航程也不足1000公里。這就決定了這一帶港口戰時較易遭到攻擊。美軍之所以在這狹小區域選擇三座動員港口，很可能也是出於為戰時增加“冗餘度”的考慮。
位於九州島西南端的鹿兒島港則主要面對中國方向。該港距離中國上海約850公里，距離沖繩約600公里，距離佐世保約200公里。因此該港不僅可供在東海和黃海活動的艦艇進行補給維護作業，也可以對沖繩方向提供一定的支撐作用，還可作為佐世保基地的外圍港口使用。此外，鹿兒島港距離自衛隊的鹿屋航空基地僅有30餘公里，也適合未來大型載機艦停泊和維護艦載機。
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