隆重熱烈的掛牌儀式過後，校黨委很快意識到：一場真正的變革，絕不是改個學院名稱、換塊牌子就算完成的，更重要、更困難的是如何引導全校真正實現思想觀念、教學科研體制和內容的深刻轉變。為此，他們把教育廣大教職員工跳出個人與局部利益的小圈圈，經受住改革帶來的各種陣痛考驗，自覺推進改革作為重要工作來抓。
在這場變革中，前身為導彈學院的防空反導學院經受的陣痛最大。按照部署，該院主體將從數十公里外的老校區搬入大學主校區，這已是他們3年之內第二次搬家。頭一次由於新一輪院校改革尚未啟動，他們的搬家工作進行到一半就被叫停。這一變故讓學院工作和教員家庭都受到不小影響，學院教職員工談到搬家都有些發怵。
此次搬家與體制編制調整同步進行，涉及各種矛盾和問題更為尖銳突出。按照改革方案，學院原有系被撤銷，20多個教研室精簡、重組成10餘個，幾十名系、室領導工作崗位都要調整。然而，由於思想工作深入細致，搬家進行得出奇順利。學院僅用22天時間就圓滿完成了5000餘台套辦公、教學、科研設施設備，13萬餘册圖書資料，1000多戶人員的搬遷任務。大家按老體制搬家，按新體制就位，新學期一開始就按照改革後的新學科內容授課，科研工作也邁出新步伐。
同樣需要搬家的還有新組建的信息與導航學院，他們則面臨著“從中央到地方”的艱難抉擇。該院原先的教學基地在北京，多數教員生活和工作也在北京，大家需要克服的困難很多。調查摸底中，雖然95%的同志並不願意搬，但100%的同志堅決服從編制體制調整的大局。正如一位空軍領導所言：“95%反映的是實際，100%反映的是覺悟。”
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