平心而論，我們應當對願意承擔辦理兩岸學術對話主辦單位高度肯定與支持，因為這種吃力又不討好的工作，還必須承擔相當大風險及背負莫大責任，經費、人力及物質與精神上的壓力，難以為外人道之辛苦，是何種歷史使命與學術責任，願意鋪建這麼好的溝通平台，集合兩岸多方聲音，在公開的場合，少則各抒己見，多則達成溝通及尋求共識的結果，這本來就是二軌所扮演的應有角色，不應有任何的阻攔，甚至應該盡力促成，但事情往往不如此發展，令人感到既失望又無奈，兩岸晦暗的前景似乎看不出有任何的曙光出現。
我們必須深刻探討，首先，兩岸交流溝通的目的何在？如果最終的目的是希望形塑成政策思維與實際政策，那麼兩岸官員及第一線人員，更應該要親赴對岸以親身掌握實際狀況，避免誤判及取得二手資料，兩岸目前對於具官方身份人員都有所管制，固然這是可以理解，但是否有調整的空間？還是依職務的性質以個案來處理。此次台北會談，既由學術團體主辦及承辦，邀請來台人員身份固然過於敏感，但僅是列席並無發表論文，且過去亦有來台紀錄可稽，是否能夠個案處理，也實有討論的空間。
值得留意的是，大陸方面對於台灣相關單位此次作法，中共國台辦發言人范麗青認為，這種作法是不正常的，理由也缺乏說服力，她希望這些部門調整心態”。 她並表示，計劃受邀赴台參加這項研討會的大陸人士，都是以民間或學術身分按正常渠道辦理手續，中共涉台人士表示，這次事件，可視為台灣對兩岸政策“緊縮”，大陸會謹慎觀察。 無疑地，最後的矛頭還是對準馬英九，他必須承擔起許多事情的後果與責任。
其次，兩岸認同與互信到底是否為一個禁止討論的誤區？兩岸不同立場及身份或許看法不同，但持平而論，認同所涉及到為一文化層次上中華民族概念下的探討，不應賦予過多的政治意念及符號在內；兩岸互信基礎更是左右兩岸交流中既關鍵又核心的問題，它決定思維及處理各項議題的結果，對話的管道要有，否則認同與互信是不可能建立的，兩岸要有來有往，有溝通才有對話，有對話才有良心的交流。兩岸認同並非簡化成為兩岸立刻統一，它的立即功效在於兩岸談判與對話間彼此有個交集，有個聊天及論談的主題。
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