有反對洽簽兩岸經濟協議者擔心，簽署兩岸經濟協議後，台灣的勞工會失去工作，面對如此的疑慮，馬英九已經承諾“不開放大陸勞工來台”，協商兩岸經濟協議時，將堅持此立場，這項承諾維持不變。至於簽署兩岸經濟協議後，享受出口免關稅的產業因競爭力提升不需外移至中國大陸，企業投資設廠會留台灣，反而創造更多就業機會。另外，兩岸經濟協議有助台灣整體經營環境的改善，促進產業升級，繼續在國際市場保有競爭力，勞工不但不會沒有工作，就業機會還會增加。此外，工資水準也會跟著經濟成長還會持續提高。因此針對ECFA對台灣產業可能造成的負面影響，馬政府事實上都有所掌握情況，也將採取保護或協助弱勢族群及弱勢產業的措施，包括馬政府不增加大陸農產品進口、不會開放大陸勞工來台工作，以及審慎處理是否進一步開放工業產品。
坦白說，任何協商都會是有利有弊，只要是對整體台灣經濟的利多於弊，就值得馬政府盡力去推動，兩岸經濟協議的協商立場亦復如此。為了兼顧兩岸經濟協議創造之出口商機及台灣產業之利益，未來與大陸洽簽兩岸經濟協議及後續貨品開放協議時，馬政府勢必將審酌各國與中國大陸洽簽FTA之先例，以爭取對中國大陸貨品繼續適用WTO反傾銷、補貼及防衛等協定，以保留台灣於WTO下對該等貨品課徵反傾銷稅、平衡稅及採行防衛措施之權利。
而馬政府洽簽兩岸經濟協議，正是兩岸經貿關係朝向制度化發展及朝向國際化之好契機；透過開放或調降關稅，來創造兩岸產業優勢互補互利雙贏。然而，在貿易開放過程中，台灣內部仍有部分屬內需型、競爭力較弱之產業，仍可能產生負面影響。故馬政府在協商期間會爭取較長的開放調適期及較小的降稅幅度，儘量兼顧內需敏感型產業承受衝擊的能力以及產業轉型所需要的調整期間。而“行政院”在進入正式協商之前，即已研擬完成“因應貿易自由化產業調整支援方案”，以2010至2019年為期，總經費為950億元，應用於對未來可能受影響產業及勞工，提供各種支援措施。因此馬政府絕非如反對者所言，對於衝擊完全不予處理及正視。
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