在兩岸政治定位上，他說，有四種可能性，第一個，國家對國家，例如德國，一個德意志，兩個國家，韓國，一個大韓民族，兩個國家；第二個，一個中華兩個政府，各自有憲法秩序，但分享一個主權，這個被接受的可能性最大；第三個是，政權對政權，不過這會落入各自表述的困境；第四個，地區對地區，一個中華兩個地區。
在國際空間問題，李毓峰說，例如在聯合國“一個中華”兩個席次，“一中兩席”。蘇俄就出現過三席，包括烏克蘭和白俄羅斯。他認為，在China名義下也可以有兩席，台北一席，中華人民共和國一席。
他說，兩岸終局要下一代去決定，這一代可以做的是中程協議，就如堆積木，蓋房子一樣，先把地基打好，再疊上磚塊、木材。有人提出“屋頂理論”來描述兩岸架構，他覺得，“屋頂理論”由上而下，不適合用在兩岸，兩德就可以。兩岸應該從下而上，先把經貿、文化、社會和政治的事務性談好，才會有屋頂。
李毓峰進一步闡述中程協議，中程協議是一個協作治理的過程，朝統合的方向發展，不論兩岸未來是統是獨，是聯邦、邦聯等，都是後代的事。他說，50年前，歐洲沒有人可以預測到歐洲會結盟，會有共同憲法、共同貨幣、共同財政政策。沒人預測到歐洲會發展成一個很特殊的政治體制。換句話說，沒人可以準確預測兩岸未來命運。
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