至於兩岸的海洋科研合作現況，高家俊說，很好，完全沒有大問題。上週他才在山東青島參加兩岸海洋大學校長論壇，並認識了一些學校，大家都認為“無論是東海還是南海，只要是兩岸的任何一邊，在那裡站得住腳，大家都樂觀其成，完全沒有衝突性。”
高家俊說，今年11月在台灣還將召開“兩岸海洋論壇工作小組會議”，有關於兩岸海氣候、海洋資源資訊的交換，屬於技術部門，大家是人同此心、心同此理，只是再進一步會牽涉到決策部門，若有明確的方向，下面實質上的合作，大家都非常有共識的。
他指出，但目前碰到的問題是，決策部門一提到海洋，複雜的地方就是難免會與軍事扯上一些關係；他們雖然做科學調查，但調查得到的資料，有一部分被軍事所用，兩岸雙方都有一些顧忌，這是必然的。
有關未來兩岸海洋合作可以從哪裡先著手？高家俊認為，海洋有蠻多的資料，如果只做自己的那一半，對科學討論來說是不足的。像防災，以颱風為例，不會看到台灣就算了，也不會繞過台灣只打大陸，颱風的災害是沒有邊界的。“假如對全民的安全幫助，相關資料的交換，可以促成雙方預報的準確，對人民的生命財產是有幫助的。”
高家俊說，颱風侵襲，台灣是先頭，冬天的冷風則是從北方下來，台灣如果能夠得到完整的海面實測資料，對預報是有幫助的。也許有人會說，目前科技發達，衛星也可以看到，但衛星看到是只是間接的，不確性還是蠻高的。
他說，海基、海協的平台，針對氣象，有兩岸氣象合作協議；現在在海洋上，也希望能是一體。兩岸兩會若有決議，在執行層面大家都已經談了很久，而且都完全支持，但這需要決策層有政策性的指示，下面做起來就比較方便。
針對南海的問題，以及前美國在台協會台北辦事處長司徒文，日前公開呼籲台灣放棄南海“九段線”主張的看法；高家俊說，台灣在太平島上建碼頭、延長機場的跑道長度，將來會是一個很重要的據點；中國大陸方面在美濟礁、永暑礁也積極要建設一個基地，這樣對確保南海權益是重要的一步。其實，大家都認知到，兩岸都是中國人，兩邊都為了國家的權益在努力。
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