但是，克林頓政府這種實踐證明行之有效的中東政策，經歷2000年底的總統大選之後，被繼任者打破、拋棄，一些積極有效的核心要旨被更改乃至反著來，從而造成有效的政策沒有延續，而無效、負面甚至是危險的政策付諸實施。比如在巴以和談方面，小布什政府完全放棄了極力推動巴以之間延續有效和談的政策，而是再度表現出對以色列沙龍政府的明顯偏袒、對巴勒斯坦阿拉法特當局的明顯打壓立場，這種立場直到2004年11月阿拉法特在被幽禁和憂郁中莫名地去世。
布什政府上任不到8個月就發生了震驚世界、空前慘烈、聞所未聞的“9.11”事件，巴以問題沒有處理好是最直接的導火索，本.拉登及其組織多次提及這一點。之後一直到2008年，新保守主義、布什主義、基督教原教旨主義實力派把持下的布什政府，仍不時發表敵視侮辱伊斯蘭教的錯誤言論，繼續將整個伊斯蘭教推向反恐的對立面，甚至一度稱其為伊斯蘭法西斯主義。這些錯誤言論反映了西方國家部分人士內心深處對伊斯蘭教根深蒂固的對立情緒乃至敵視情節，並不時通過不同的方式暴露出來，從而引發地區性、世界性的穆斯林大規模抗議浪潮，並帶來程度不同的傷亡。
從上世紀80年代發生的英國作家拉什迪侮辱伊斯蘭教的《撒旦詩篇》，引起伊朗等國的追殺，到21世紀初丹麥發生漫畫家侮辱伊斯蘭教先知的事件，再到駐伊拉克美軍和駐阿富汗美軍侮辱伊斯蘭教的諸多事件，無不說明這種錯誤但危險的宗教對立、宗教歧視問題，它很容易讓美國經營中東地區和部分國家的多方面努力以及些許成果毀於一旦，根本得不償失。以美國為首的西方國家和基督教世界早該深思反思和改正這種錯誤的傾向和做法，回到宗教寬容、相互尊重、文明對話的立場上來。這種文明和宗教對話，2000年就被時任伊朗總統哈泰咪強烈的推崇和推動，克林頓一度予以積極回應，但後來上台的小布什政府充耳不聞、視而不見。
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