他認為，“柯文哲現象”是台灣人民對政治人物失去信心的展現，柯直話直說、不矯情、不會掩飾，對台灣人而言，這是很難得的經驗，對藍綠惡鬥很厭惡；尤其，學運讓民進黨邊緣化，在野勢力慢慢提升，這種大環境的變化讓柯文哲有出機會出線。
有人認為柯文哲是深綠一員，吳樹民指出，對台灣的關心不應該用藍綠去區分，他很贊同柯用社會文化的層次處理台北市長選舉。如果按照台南市長賴清德到中國訪問的談話來看很清楚，台獨是歷史的過程，二二八以來的台灣意識與台獨意識也愈來愈清楚，民進黨只是歷史潮流之一，從歷史與文化的角度看待，他感覺，台灣未來不是藍綠問題，應該是認同台灣文化與台灣這塊土地的問題，重新思考台灣人民想要什麼。因此，深綠與深藍都應該重新定義。
吳樹民的父親吳三連，乃日據時期與戰後台灣政治民主化、本土化與社會運動的先驅人物。他在1920年加入東京留學生組成的新民會、東京台灣青年會等組織。吳三連曾當著台灣總督府總務長官下村宏面前批評日本殖民統治的高壓政策，爾後，參與過林獻堂“台灣議會設置請願運動”。吳樹民具有父親吳三連反骨硬漢的精神。
談到父親吳三連曾任第一屆民選台北市長，吳樹民指出，他還在唸小學時，父親選市長，但當時的選舉情況與現在大不同。
他說，當時蔣介石要吳三連當台北市長，主要是利用父親無黨籍身分做官派市長，這是一種招牌，因為做得不錯，當時國民黨的政策就是要讓他當選，做為民主櫥窗，諷刺的是，蔣介石是獨裁者、卻號稱自由中國。後來，無黨籍高玉樹出來選，民主的熱情慢慢出來，當時是畸型的民主狀態。
針對民進黨基層黨代表提案主張凍結台獨黨綱，吳樹民說，他不是民進黨黨員，也對民進黨不太有信心，儘管，民主時代什麼都可以提出討論，但如果通過這個案子，他相信民進黨很快就會消失，不存在了。
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